Mozgový kmeň (lat. Truncus cerebri, Caudex cerebri, Truncus encephali) je označenie pre oblasti mozgu pod mozočkom a predným mozgom (ktoré nie sú rozdelené na dve hemisféry), čiže:

Mozgový kmeň

Niektorí autori však do mozgového kmeňa zaraďujú aj medzimozog a prípadne aj bazálne gangliá koncového mozgu, či dokonca aj mozoček.