Pepsín je enzým, ktorého zymogén (pepsinogén) je produkovaný bunkami žalúdočnej sliznice. Patrí do skupiny proteáz. Jeho úlohou je rozkladať proteíny v potrave na peptidy.

Pepsín je proteolytický enzým produkovaný bunkami žalúdočnej sliznice, ktorý štiepi bielkoviny vo vnútri peptidového reťazca na jednoduchšie, vo vode rozpustné peptidy. Katalyzuje hydrolýzu väzby medzi aminoskupinou tyrozínu alebo fenylalanínu a kyselinou asparágovou alebo glutamovou. Zráža mlieko, ktoré sa ako zrazenina v žalúdku dlhšie udrží a čiastočne sa trávi. Najvýkonnejší je pri pH okolo 2.

Enzým objavil v roku 1836 Theodor Schwann, ktorý na jeho pomenovanie použil základ z gréckeho slova pepsis – tráviť. Pepsín bol prvý známy živočíšny enzým a od roku 1929 aj jeden z prvých ktoré sa J. H. Northropovi podarilo vyrobiť kryštalizáciou.