Číslo EC
Číslo EC (číslo Enzýmovej komisie) je číselná klasifikácia enzýmov podľa reakcie, ktorú katalyzujú.[1] Funguje ako systém enzýmového názvoslovia a každé číslo má priradený odporúčaný názov konkrétneho enzýmu.
Presnejšie, číslo EC určuje konkrétne reakcie katalyzované enzýmami, nie enzýmy samotné. Ak dva rôzne enzýmy (napríklad z rôznych organizmov) katalyzujú tú istú reakciu, sú označené zhodným číslom.[2] Podobne by enzýmy, ktoré majú rôzne zloženie, ale katalyzujú tú istú reakciu (ako výsledok konvergentnej evolúcie), boli označené tým istým číslom. V tom prípade hovoríme o nehomológnych izofunkčných enzýmoch (NISE). [3] Naopak, proteínové databáze ako UniProt využívajú identifikátory, ktoré určujú proteín podľa sekvencie aminokyselín (ich primárnej štruktúry).[4]
Formát upraviť
Každé označenie začína písmenami „EC“ a za ním nasledujú štyri čísla oddelené bodkami. Tieto čísla bližšie určujú presnejšiu klasifikáciu enzýmu. Niekedy sa využívajú predbežné označenia, ktoré majú „n“ pred posledným číslom (napríklad EC 3.5.1.n3).
Napríklad, pre enzýmy tripeptidaminopeptidázy, ktoré majú číselné označenie „EC 3.4.11.4“, by sa dalo toto označenie popísať ako:
- EC 3 enzýmy sú hydrolázy (enzýmy využívajúce vodu na štiepenie iných molekúl)
- EC 3.4 sú hydrolázy, ktoré štiepia peptidové väzby
- EC 3.4.11 sú hydrolázy, ktoré štiepia aminokyselinu na N-konci polypeptidu (aminopeptidázy)
- EC 3.4.11.4 sú enzýmy, ktoré štiepia aminokyselinu z tripeptidu
Základné druhy enzýmov upraviť
| Druh | Katalyzovaná reakcia | Typická reakcia | Príklady enzýmov (triviálne názvy) |
|---|---|---|---|
| EC 1 | Katalyzujú oxidačné/redukčné reakcie: presun atómov H a O alebo elektrónov z jednej molekuly na druhú | AH + B → A + BH (redukovaná)
A + O → AO (oxidovaná) |
Dehydrogenáza, oxidáza |
| EC 2 | Presun funkčnej skupiny z jednej molekuly na druhú. Skupina môže byť metyl-, acyl-, amino- alebo fosfátová skupina | AB + C → A + BC | Transamináza, kináza |
| EC 3 | Hydrolýza substrátu a tvorba dvoch produktov | AB + H2O → AOH + BH | Lipáza, amyláza, peptidáza, fosfatáza |
| EC 4 | Štiepenie väzieb bez použitia vody. Štiepia napríklad väzby C-C, C-N, C-O alebo C-S | RCOCOOH → RCOH + CO2 alebo [X-A+B-Y] → [A=B + X-Y] | Dekarboxyláza |
| EC 5 | Intramolekulový presun, teda izomerizácia v rámci jednej molekuly | ABC → BCA | Izomeráza, mutáza |
| EC 6 | Spojenie dvoch molekúl syntézou nových C-O, C-S, C-N alebo C-C väzieb za súčasného rozkladu ATP | X + Y + ATP → XY + ADP + Pi | Syntetáza |
| EC 7 | Katalyzujú presun iónov alebo molekúl cez membránu | Transportér |
Podobnosť reakcií upraviť
Podobnosť enzymatický reakcií môže byť spočítaná pomocou zmeny väzieb, reakčných centier alebo subštruktúrnymi metrikami (kedysi EC-BLAST, teraz EMBL-EBI Enzyme Portal).[6]
História upraviť
Systém enzýmového názvoslovia sa začal vyvíjať v roku 1955, kedy International Congress of Biochemistry (Medzinárodná spoločnosť pre biochémiu) v Bruseli vytvorila Enzyme Commission (Enzýmovú komisiu). Prvá verzia bola publikovaná v roku 1961. Aktuálna šiesta edícia, publikovaná Medzinárodnou úniou pre biochémiu a molekulárnu biológiu v roku 1992, obsahuje 3 196 enzýmov. Dodatky 1-4 boli vydané v rokoch 1993 až 1999. Ďalšie dodatky boli vydané elektronicky, a to na stránke Nomenclature Committee of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology (Komisie pre názvoslovie Medzinárodnej únie pre biochémiu a molekulárnu biológiu).[5] V auguste 2018 bola pridaná kategória EC 7, ktorá popisuje translokázy.[7]
Referencie upraviť
- ↑ WEBB, E. C.. Enzyme nomenclature 1992: recommendations of the Nomenclature Committee of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology on the nomenclature and classification of enzymes. [s.l.] : Academic Press, 1992. Dostupné online. ISBN 978-0-12-227164-9.
- ↑ ENZYME (Enzyme nomenclature database) [online]. ExPASy. Dostupné online. Archivované 2019-03-21 z originálu.
- ↑ Non-homologous isofunctional enzymes: a systematic analysis of alternative solutions in enzyme evolution. Biology Direct, 2010, s. 31. DOI: 10.1186/1745-6150-5-31. PMID 20433725.
- ↑ UniProt: the Universal Protein knowledgebase. Nucleic Acids Research, Jan 2004, s. D115–9. DOI: 10.1093/nar/gkh131. PMID 14681372.
- ↑ a b Moss GP. Recommendations of the Nomenclature Committee [online]. International Union of Biochemistry and Molecular Biology on the Nomenclature and Classification of Enzymes by the Reactions they Catalyse. Dostupné online. Archivované 2018-09-10 z originálu.
- ↑ EC-BLAST: a tool to automatically search and compare enzyme reactions. Nature Methods, Feb 2014, s. 171–174. DOI: 10.1038/nmeth.2803. PMID 24412978.
- ↑ TIPTON, Keith. Enzyme Nomenclature News: Translocases (EC 7): A new EC Class [online]. ExplorEnz: the primary source of the IUBMB enzyme list, August 2018. Dostupné online. Archivované 2018-09-10 z originálu.
Zdroj upraviť
Tento článok je čiastočný alebo úplný preklad článku Enzyme Commission number na anglickej Wikipédii.
