* [[virológia]] (rozmach po objavení elektrónového mikroskopu)
* [[
* [[mykológia]] (štúdium plesní a kvasiniek)
* [[protozoológia]]
Iné rozdelenie:
* [[lekárska mikrobiológia]] a [[veterinárna mikrobiológia]]: objasňuje pôvodcov chorôb:
**[[imunológia]] - náuka o obranných reakciách organizmu proti infekcii
**[[serológia]] – náuka o protilátkach v krvnom sére
* [[technická mikrobiológia]] a [[potravinárska mikrobiológia]]: využitie na výrobu liečiv a potravín (mliečne výrobky)
* [[poľnohospodárska mikrobiológia]]: študuje mikróby v pôde, ktoré sa zúčastňujú kolobehu látok v prírode
* [[geomikrobiológia]]
* [[morská mikrobiológia]]
* ...
Špeciálnymi aspektami mikrobiológie sa zaoberajú aplikované mikrobiologické vedy napríklad [[bakteriálna fyziológia]], ktorá skúma životné pochody baktérií.
