Ako manažér sa do hokejového diania nakrátko zaradil v období rokov 2000 – 2001, opätovne a natrvalo v roku 2004. Je viceprezidentom a generálnym manažérom [[HC Košice]]. Počas jeho pôsobenia vo funkcii získal s klubom v období od roku 2004 štyripäť titulytitulov [[Majster Slovenska v ľadovom hokeji|majstra Slovenska]], vrátane „zlatého hetriku“ v rokoch 2009 – 2011.
HC Košice od roku [[2004]] ani raz nechýbal v semifinále play-off extraligy a od roku 2007 nepretržite sedemkrátosemkrát dosiahol finálovú účasť. Zatiaľ posledným majstrovskýmMajstrovským titulom v roku 2014 získal HC Košice pre svoje mesto historicky prvú účasť v novovzniknutej Hokejovej lige majstrov ([[Champions Hockey League]]), titul aj účasť v CHL získal aj o rok neskôr (2015).
Juraj Bakoš jena hokejovom funkcionárskom poli pôsobil aj v odexekutíve rokuSlovenského 2012ľadového hokeja (2011-2015), či vo funkcii predsedompredsedu predstavenstva spoločnosti Pro-Hokejhokej, ktorá riadi najvyššiu slovenskú hokejovú extraligovú súťaž.Túto(2004 funkciu vykonával aj v rokoch 2005 až- 2009., Od2012 roku- 2011 je členom exekutívy Slovenského zväzu ľadového hokeja (SZĽH2014).
