Súborový systém v MSDOSeMS DOSe a jemu podobných systémoch je organizovaný pomocou FAT. Rozoznávame FAT12 a FAT16 (FAT32) podľa toho, koľko bitov vyhradzuje na (logickú) adresáciu disku. FAT je jednorozmerná tabuľka (pole), ktorá obsahuje údaje o obsadenosti jednotlivých oblastí (clustrovcluster=klaster) disku/diskety. Väčšinou existujú dve kópie (ak by sa jedna (prvá) fyzicky porušila). FAT spolu s adresármi určuje fyzické uloženie súborov.
Disketa aj disk sú delené na clustreklastre, ktoré sú z hľadiska súborového systému MS DOSu najmenšou adresovateľnou jednotkou (sú to vlastne logické bloky). Priestor na diskete sa súborom prideľuje po clustrochklasteroch. Ak napr. clusterklaster pozostáva z 8 sektorov, t.j. má 4KB, a v adresári máteje 100 súborov po 100B, tak mámevznikne 10KB údajov, ale v súborovom systéme zaberajú 100x4KB=400KB miesta, t.j. využívate priestor na 2,5%. Nanešťastie počet clustrovklasterov je zhora ohraničený typom FAT ky: 4096 pre FAT12 (reálne o niečo menej), 65536 pre FAT16 (reálne zase o niečo menej). To je najväčší problém súborového systému typu FAT hlavne pri veľkých diskoch: - vynucuje veľké clustre a tým plýtva priestorom.
