Narodil sa Americkémuamerickému bankárovi francúzsko - talianskeho pôvodu a Škótke. Rodina sa počas jeho detstva často sťahovala, vrátane Škótska, Libérie, Libanonu a Luxemburska. Molko hovorí o období strávenom v rodnom meste jeho matky (Dundee v Škótsku)ako o mieste "kde som vyrástol". Svoje detstvo opisuje ako obdobie keď sa cítil veľmi osamelý a odcudzený. <br />Jeho prvé skúsenosti s vystupovaním boli počas hrania v školskom divadle. Zatiaľ čo Molko bol vychovávaný v prísnej domácnosti, ktorá neschvaľovala umelecké vyjadrenie sa (jeho otec chcel aby sa Brian stal bankárom), on protestoval - pôsobil hermafroditickým dojmom, lakoval si nechty, používal rúž a ceruzku na oči, počúval punk. Ku koncu puberty sa priznal k bisexualite. <br />Molko zo začiatku navštevoval ''the European School of Luxembourg'' ale musel odísť kôli prílišnému šikanovaniu; neskôr navštevoval ''the American International School of Luxembourg'' a pokračoval divadelným štúdiom na ''Goldsmiths College'' v Londýne.
