Záhorská nížina je oblasť s veľmi početným zastúpením chránených vzácnych druhov tak [[fauna|fauny]], ako aj [[flóra|flóry]]. V roku [[1988]] bolo vybrané územie s rozlohou 275 [[km²]] a bolo vyhlásené [[Chránená krajinná oblasť Záhorie|Chránenou krajinnou oblasťou Záhorie]]. Okrem tejto chránenej krajinnej oblasti zasahuje do Záhorskej nížiny na severe veľmi malou časťou [[Chránená krajinná oblasť Biele Karpaty]].
Ďalšie cenné prírodné zaujímavosti sú sústredené do početných maloplošných útvarov – [[prírodná rezervácia|prírodných]] a [[národná prírodná rezervácia|národných prírodných rezervácií]]. Jedna z najstarších, zriadená v roku [[1964]], je [[Národná prírodnáPrírodná rezervácia Bezedné]]. Rezervácia sa nachádza v neveľkej zníženine medzi zarastajúcimi pieskovými dunami. Je to vlastne [[jelša|jelšový]] [[les]] s malou vodnou plochou, rastúci uprostred [[borovica|borovicových]] lesov – vzácna ukážka pôvodných spoločenstiev. Svoje hniezdisko tu majú vodné [[vtáky]] a rastú tu aj vzácne chránené [[rastliny]]. [[Národná prírodnáPrírodná rezervácia Bezedné]] je evidovaná v medzinárodnej sieti chránených území. Za mnohé ďalšie rezervácie môžeme menovať [[Národná prírodná rezervácia Abrod|Abrod]] z roku [[1964]], [[Národná prírodná rezervácia Červený rybník|Červený rybník]] vyhlásený v roku [[1966]], v roku [[1981]] boli vyhlásené rezervácie [[Národná prírodná rezervácia Dolný les|Dolný les]] a [[Národná prírodná rezervácia Horný les|Horný les]] a v roku [[1980]] [[Národná prírodná rezervácia Zelienka]]. K chráneným oblastiam patrí aj [[Chránený areál Starý rybník]] a početné [[prírodná pamiatka|prírodné pamiatky]]. K raritám patrí výskyt [[bobor európsky|bobra európskeho]] v okolí [[Senica|Senice]].
