Druhý vatikánsky koncil je považovaný za najvýznamnejší medzník v dejinách cirkvi od dôb konštantínovského obratu: prekonanie konštantínovského obdobia s jeho tesným spojením náboženstva a politiky, moci a cirkvi, zrieknutie sa protireformačne zúženého, tzv. tridentského vyznania viery, prechod k cirkvi zodpovedajúcej moderným požiadavkám a dobe.
Proces obnovy cirkvi, ktorý začal Ján XXIII. a koncil ho potvrdil, pokračoval aj po skončení koncilu. Išlo nielen o zmeny v cirkevnej vierouke, ale najmä o zmeny ovzdušia v cirkvi, k prehodnoteniu tradičných sociálnych postulátov cirkvi a k podpore pokroku a mieru.
Jedným z najvýznamnejších aktov, ktorý vyplynul z rozhodnutia Druhého vatikánskeho koncilu, bola reorganizácia vatikánskej inštitúcie - Kongregácie svätého ofícia. V deň ukončenia koncilu, 7. decembra 1965, bol vydaný pápežský dekrét ''Integra servanta'', ktorým sa premenovalo Sväté ofícium na [[Kongregácia pre učenie viery|Kongregáciu pre učenie viery]]. 14.6.1966 bol zrušený index zakázaných kníh, čím sa fakticky zrušila cirkevná cenzúra.
Koncil vyjadroval optimizmus i ilúzie šesťdesiatych rokov. Nastolená nálada však neprežila rok [[1968]], kritický tak pre cirkev, ako aj pre svetskú spoločnosť, keď pápež [[Pavol VI.]] odmietol zrušiť cirkevný zákaz antikoncepcie a znovu ju odsúdil encyklikou ''[[Humanae vitae]]''. Jedným z najaktívnejších učastníkov bol Karol Wojtyla (budúci pápež [[Ján Pavol II.]]) Na prácach na koncile sa zúčastňovali aj biskupi z komunistických krajín. Viacerí boli vo väzení, československá vláda však povolila vycestovať biskupovi Tomáškovi, Nécseyovi, Lazíkovi. Aktívne sa na koncile zúčastňovali slovenskí exiloví biskupi [[Andrej Grutka]] a [[Pavol Hnilica]].
