Predpokladom vzniku stavby bolo obdobie osemdesiatych rokov 20. storočia, kedy bola v Bilbau schválená urbanistická koncepcia, ktorej cieľom bolo zmeniť priemyselné prístavné mesto na turistickú destináciu. Súčasťou tohto plánu bola i revitalizácia priestoru bývalých lodeníc.
Beh času ukázal, že predpokladom vzniku stavby bolo obdobie osemdesiatych rokov 20. storočia, kedy bola v Bilbau schválená urbanistická koncepcia, ktorá mala premeniť priemyselné prístavné mestečko na destináciu, ktorá by bola atraktívna pre turistov nielen zo širšieho okolia, ale i z celej Európy. Zásadnou súčasťou tohto plánu bola i revitalizácia priestoru bývalých lodeníc. Práve v tomto čase hľadala Nadácia Solomon R. Guggenheim Foundation vhodné miesto pre nové múzeum v Európe. Baskom sa myšlienka Guggenheimovho múzea zapáčila. Samospráva v Bilbau dokázala nadáciu presvedčiť, aby sa stavba stala súčasťou obnovy mesta. V roku 1991 bola vypísaná verejná súťaž, ktorú s prehľadom vyhral návrh amerického architekta [[Frank Gehry|Franka Owen Gehryho]]. [[Frank Gehry]] sa svetovej verejnosti uviedol veľkolepo: ešte ako začínajúci architekt ohúril radom provokatívnych domov v Kalifornii, ktoré sa pohrávali s možnosťami svetla a konštrukcie z dreva, neskôr väčšími verejnými objednávkami, ku ktorým môžeme zaradiť stavbu umeleckej školy v Tolede /1989/ a návrh Disneyho koncertnej haly v Los Angeles /1989/. V roku 1989 bola Gehryho práca ocenená prestížnou medzinárodou Pritzkerovou cenou. Základný kameň Guggenheimovho múzea bol položený v roku 1993 a už v októbri 1997 bolo múzeum otvorené. Závratné investície a supermoderný dizajn architekta [[Frank Gehry|Gehryho]] vyvolávali celé tri roku skepsu. V krátkom čase po otvorení sa však ukázalo, že odvážne rozhodnutie sa vyplatilo. Úspech bol nevídaný a z provinčného mesta sa rázom stalo turisticky vyhľadávané miesto.
V tomto čase hľadala Nadácia Solomon R. Guggenheim Foundation vhodné miesto pre nové múzeum v Európe. Samospráva v Bilbau nadáciu presvedčila, aby sa stavba stala súčasťou obnovy mesta. Verejnú súťaž, ktorá bola vypísaná v roku 1991, vyhral návrh amerického architekta [[Frank Gehry|Franka Owen Gehryho]] (autor stavby umeleckej školy v Tolede (1989) a návrh Disneyho koncertnej haly v Los Angeles (1989)).
So stavbou múzea sa začalo v roku 1993, otvorené bolo v októbri 1997.
