Mária zomrela roku [[1694]]. Viliam oplakával jej stratu napriek tomu, že ju podvádzal a mal viacero mileniek.
Konvertoval na anglikánske vyznanie, čím jeho popularita klesla.
Roku [[1696]] sa ho pokúsili zavraždiť [[jakobiti]], ale neuspeli. [[Ľudovít XIV.]] prestal podporovať Jakuba a po skončení vojny s augsburskou alianciou uznal Viliama ako anglického krála. Na sklonku vlády sa Viliam nechal zatiahnuť do [[Vojna o španielske dedičstvo|vojny o španielske dedičstvo]]. Bál sa, aby na španielsky trón po smrti [[Karol II. (Španielsko)|Karola II.]] nezasadol jeden z jeho najväčších konkurentov, francúzsky kráľ alebo cisár Svätej ríše Rímskej. Viedlo by to k porušeniu rovnováhy medzi mocou jednotlivých štátov v Európe. Vojne predchádzali dohody medzi panovníkmi o rozdelení španielskeho územia. [[Karol II. (Španielsko)|Karol II.]] trón zanechal [[Filip V. (Španielsko)|Filipovi]], vnukovi [[Ľudovít XIV.|Ľudovíta XIV.]] Ten uzavrel spojenectvo s Viliamom, keď uznal Jakuba, syna [[Jakub II. (Anglicko)|Jakuba II.]] ako následníka anglického trónu. Práve táto otázka trápila Viliama. On nemal potomka a taktiež ani deti princeznej Anny sa nedožili dospelosti. Roku [[1701]] bol vydaný zákon, podľa ktorého po Anninej smrti koruna pripadne vnučke [[Jakub I. (Anglicko)|Jakuba I.]] [[Žofia Falcká|Žofii]] a jej potomkom. [[Žofia Falcká|Žofia]] bola vydatá za vojvodu z [[Hannover]]u. Tento zákon vstúpil do platnosti v Anglicku, ale nie v Škótsku.{{bez citácie}}
Viliam III. zomrel roku [[1702]] na zápal pľúc ako následok pádu z koňa.{{bez citácie}} Pochovaný bol vedľa svojej manželky vo [[Westminsterské opátstvo|Westminsterskom opátstve]].
