Ako už bolo povedané, chrám slúžil [[kult]]u [[Aténa|Atény]] takmer tisíc rokov. V [[4. storočí predpo Kr.]], keď sa v [[Grécko|Grécku]] upevnilo [[kresťanstvo]], bol Partenón premenený na kresťanský chrám zasvätený [[Panna Mária|Panne Márii]]. Vtedy bola taktiež poškodená jeho sochárska výzdoba vonkajšieho vlysu. Fanatický kresťania ju otĺkli, pretože znázorňovala pohanské náboženstvo. Ponechali iba južné [[metopa|metopy]], pretože na nich zobrazení [[Kentaur (bytosť)|kentauri]] im pripomínali [[diabol|diablov]], a krajnú východnú metopu severnej strany, kde rozhovor Atény a [[Afrodita|Afrodity]] pripomínala výjav [[Zvestovanie|Zvestovania]]. [[Iónsky sloh|Iónsky]] [[vlys]] okolo [[cela (architektúra)|cely]] a výzdoba štítov bola mimo ich dosah. (Viacej o výzdobe nižšie.) [[Feidias|Feidiova]] kultová socha bola už predtým odvezená do [[Konštantínopol (do roku 1453)|Konštantínopolu]]. Ďalej došlo k niekoľkým stavebným zmenám. Hlavný vchod bol preložený na západ. Z bývalej zadnej predsiene sa dvoma malými a jednými veľkými dvermi vchádzalo do hlavnej siene. Severne v hlavnej sieni bola umiestnená [[kazateľnica]], južne [[biskup]]ské kreslo a v [[Apsida (architektúra)|apside]], ktorá bola vybudovaná do pôvodnej predsiene na východnej strane, stál [[oltár]]. Stĺpy boli inak usporiadané a bola zriadená [[galéria]] pre ženy. Zastrešenie bolo vtedy klenuté. Na steny boli doplnené kresťanské maľby (viac o pôvodnej architektonickej podobe nižšie). Roku [[1204]] bol chrám odovzdaný [[Rímskokatolícka cirkev|rímskej cirkvi]].
[[Súbor:Parthenon.Southern.Side.damaged.jpg|náhľad|Južná strana chrámu, ktorá značne utrpela výbuchom v roku [[1687]].]]
