Tomsk bol založený v roku [[1604]] na príkaz [[cár|ruského cára]]a [[Boris Fiodorovič Godunov|Borisa Godunova]] [[kozáci|kozákmi]] ako ruská vojenská pevnosť. Názov mesto získalo podľa rieky [[Tom]], cez ktorú malo strážiť brod pred [[Tatári|Tatármi]]. Postupom času sa mesto stalo dôležitou vojenskou základňou pre výpravy do vtedy divokého okolia. Pretože nemalo konkurenciu, pomerne rýchlo sa z neho stalo administratívne centrum a v roku [[1804]] sa stalo centrom gubernie. V
V 30. rokoch [[19. storočia]] sa jeho rast ešte urýchlil, keď v neďalekom okolí bolo objavené [[zlato (nerast)|zlato]]. [[19. decemberadecembra]] [[1917]] tu získali moc [[boľševik|boľševici]], v roku [[1918]] tu boli aj jednotky [[Československé légie v Rusku|československých légií]] a [[Biela armáda|bielogvardejcov]], opäť bola sovietská moc ustavená až ku konci roku [[1919]].
