Haydn písal takmeřtakmer vo všetkých hudobných formách, od [[Komorná hudba|komornej hudby]] cez orchestrálnu, ale jeho záľubou bolo skladať hudbu cirkevnú na liturgické texty. Hudobnému sprievodu týchto textov nepochybne venoval najväčšie úsilie. Michael Haydn mal averziu k tisku svojich diel, a tak väčšina jeho skladieb zostala v rukopise. Kompletná zbierka nepublikovaných prací Michaela Haydna je dnes uchovaná v knižnici benediktínskeho kláštora sv. Petra v Salzburgu.
