Kláštor založil v roku [[1502]] kráľ [[Manuel I. (Portugalsko)|Manuel I.]] ako výrazz vďaky za šťastnú výpravu [[Vasco da Gama|Vasca da Gama]] do [[India|Indie]], jeho stavba bola dokončená v roku [[1511]], kedy Manuelov syn [[Ján III. (Portugalsko)|Ján III.]] rezignoval na jej financovanie. Na realizácii stavby, situovanej na mieste bývalej [[kaplnka|kaplnky]] Ermida do Restelo (''Capela de SăoSão Jerónimo''), ktorú tam založil [[Henrich Moreplavec]] participovali ''Diogo de Boitaca'' ([[1460]]-[[1528]]), ''João de Castilho'' ([[1475]]-[[1552]]), ''Diogo de Torral'' ([[1500]]-[[1566]]) a ''Jerónimo de Ruao'' ([[1530]]-[[1601]]). JePovažuje považovanása{{Kto}} za perlu [[Gotika|goticko]]-[[renesancia|renesančného]] [[manuelský sloh|manuelského štýlu]].
Do roku [[1934]] patril kláštor rádu sv.svätého Hieronyma (odtiaľ je jeho názov), v roku [[1983]] bol spolu s [[Belémska veža|Belémskou vežou]] zaradený na [[Svetové dedičstvo UNESCO|Zoznam svetového dedičstva]] [[UNESCO]].
V kláštore sú hroby kráľa Manuela I. a jeho manželky [[Mária Aragónska (1482-1517)|Márie Aragónskej]], kráľa Jána III. a jeho manželky [[Katarína Habsburská (1507-1578)|Kataríny Habsburskej]], sú tam aj náhrobky moreplavca Vasca da Gama ([[1468]]-[[1523]]) a [[spisovateľ]]a [[Luísa Vaz de Camões|Luíse Vaz de Camões]] ([[1527]]-[[1570]]).
V areáli kláštora bola [[13. december|13. decembra]] [[2007]] podpísaná [[Lisabonská zmluva]].
