V novembri 1997 bol Michal Martikán účastníkom dopravnej nehody pri obci [[Veľké Zálužie]].<ref>{{cite web | url = http://www.spectator.sk/articles/view/7659/1/ | title = Olympic winner kills a pedestrian | accessdate = 2008-08-17 |date= December 4, 1997 | work = The Slovak Spectator }}</ref> Jeho automobil zrazil chodca, spôsbiac mu smrteľné zranenia. Vyšetrovanie dospelo k záveru, že Martikán išiel rýchlosťou výrazne nad 40 km/h. Bolo tiež zistené, že zabitý muž bol v čase nehody pod vplyvom alkoholu.
<br>Martikán bol uznaný vinným zo zabitia a dostal podmienečný trest odňatia slobody. Súčasťou trestu bol zákaz viesť motorové vozidlá, ktorý však nedodržal a o niekoľko mesiacov neskôr bol znovu zatknutý.{{chýba zdroj}}
<br>Martikán následne čelil hrozbe nepodmienečného trestu kvôli porušeniu svojich probačných podmienok. Prezident [[Rudolf Schuster]] mu však udelil prezidentskú milosť,<ref>{{cite web | url = http://www.spectator.sk/articles/view/149/1/ | title = Amnesties a relic of feudal powers | accessdate = 2008-08-17 |date= January 29, 2001 | work = The Slovak Spectator }}</ref>, čo znamenalo okrem jeho oslobodenia i odstránenie záznamu trestného činu z jeho [[trestný register|trestného registra]]. Schuster tvrdí, že Martikánove pozitívne atleticke reprezentovanie krajiny v zahraničí ho oprávňovalo amnestiu udeliť, zatiaľ čo kritici poukazujú na dvojaký štandard a preferenčné zaobchádzanie s Martikánom ako športovou celebritou.{{chýba zdroj}}
