V roku 1946 sa Onasis oženil s Athinou, dcérou gréckeho lodného magnáta z [[Grécke ostrovy|ostrovuostrova]] [[Chios]], [[Stauros Livanos|Staurosa Livanosa]]. V roku 1948 sa im narodil syn [[Alexandros Onasis]] a v roku 1950 dcéra Christina. Svadba s Athinou bola zrejme Onasisova ambícia spojiť svoje impérium s Livanosovým a zabrániť tak vzájomnej konkurenciíkonkurencii. Aj preto manželstvo nevydržalo, Onasis začal mať pomer s gréckou opernou speváčkou [[Maria Callas|Mariou Callasovou]]. Aféra s Mariou Callasovou vraj bola založená na Onasisovej skutočnej láske k nej, no vzťah ukončil kvôliz politickýmpolitických dôvodomdôvodov. V roku 1968 sa oženil s vdovou po americkom prezidentovi Jacqueline Kennedyovou. V roku 1973 sa zabil Aristotelov syn Alexandros, havaroval lietadlom. Od tejto doby sa Onasis stiahol do úzadia a podľa niektorých názorov to zapríčinilo jeho blízkuskorú smrť. V tejto dobe sa ťažko znášal so svojou manželkou Jacqueline a ľutoval, že opustil Mariu Callasovú. Onasis zomrel 15. marca 1975 vo svojom sídle vo [[Francúzsko|Francúzsku]] vo veku 69 rokov na [[bronchopneumónia|bronchopneumóniu]].
