Tento zápas o vplyv a podobu vlády [[insei]] nakoniec viedol k vážnemu oslabeniu moci cisárskeho dvora a k moci sa postupne dostali silné vojenské klany sídliace v provinciách, ktoré mali k dispozícii vlastné ozbrojené družiny. V čase, keď cisársky dvor negarantoval právo a poriadok v krajine, poskytoval systém súkromných feudálnych domén šóen obyvateľstvu provnicíí ochranu pred miestnymi banditami a v pobrežných oblastiach aj pred pirátmi z oblasti [[Vnútorné more|Vnútorného mora]]. Jedna z vetví takého klanu šóen, rodu Minamoto sídliaceho vo východnej časti Japonska, sa v roku 1031 zbavila jednej z vetví rodu Taira a medzi rokmi 1051 a 1088 ďalších dvoch rodov zo severného [[Honšú]], s ktorými súperila. Rody Minamotov a Taira sa následne snažili celú prvú polovicu 12. storočia získať priazeň cisárskeho dvora alebo rodu Fudžiwarov.
[[Súbor:DanNoUra.jpg|thumb|right|200px|Malba z 12. storočia znázorňujúca [[Bitka pri Dannoury|bitku pri Dannoury]], ktorá sa odohrala [[25. marec|25. marca]] [[1185]].]]
V roku 1156 sa po smrti cisára [[cisár Gotoba|Gotoby]] uchádzalisi nárokovali cisársky o trón jeho dvaja synovia. Jedného zo synov podporoval rod Minamoto a druhého rod Taira. Nepriateľstvo medzi rodmi Taira a Minamoto prebiehalo už dlhšie obdobie a spor Gotobových synov o nástupníctvo iba ešte viac vyhrotil vzájomnú rivalitu týchto rodov. Rod Taira v priebehu bojov ([[Nepokoje éry Hógen]], [[Nepokoje éry Heidži]]) získal vedúce postavenie, kedkeď sa mu podarilo poraziť vojská rodu Minamotovcov. HlavaPríslušníci rodu TairaMinamotovcov boli zavraždený a najmladší člen rodu Minamoto bol vyslaný do vyhnanstva. Hlava rodu [[Taira no Kijomori]] vydal svoju dcéru za cisára a v roku 1180 dokonca dosadil na trón svojho vnuka Antoku. JehoKijomoriho despotický spôsob vlády a, porušovanie starých zvykových obyčajov všakoslabilipostupne oslabilo spojenectvo a vernostné puto vernosti s ostatnými klanyvojenskými rodmi, dvornou šľachtou a dosadeniebudhistickými náboženskými skupinami. Dosadenie cisára Antoku proti zvykom tradičného práva a úvahy o premiestnený hlavného mesta do bezvýznamnej rybárskej osady Fukuhara, ktorá bola rodovým sídlom Tairovcov, avšak bez ohľadu na mienku dvora, šľachty a obyvateľstva krajiny onedlho viedlo k veľkému povstaniu proti Kijomorimu. Do jeho čela sa postavil [[Minamoto no Jorimoto]], jeden z preživších členov rodu Minamoto, ktorý po násilnom vyvraždení členov svojej rodiny žil vo vyhnanstve na polostrove Izu. Spolu so svojim bratom Jošicunom dobyl Heian-kjó, vyhnal klan Tairov a definitívne ich porazil v roku [[1185]] v [[Bitka pri Dannoury|bitke pri Dannoury]]. Touto bitkou skončilo obdobie Heian.
