Popri gymnaziálnych štúdiách študoval zároveň súkromne harmóniu a kontrapunkt u Jána Zimmera, klavír u Rudolfa MacudinskéhoMacudzińského. V roku 1956 dokončil štúdium kompozície u profesora Jána Cikkera. Ilja Zeljenka patril k najvýznamnejším osobnostiam hudby druhej polovice 20. storočia. Ako samouk sa dopracoval k osobitým harmonickým a metrorytmickým riešeniam. Už z tohto obdobia si doniesol zmysel pre vlastné kompozičné riešenia, čo znamená, že i s podnetmi Novej hudby a avantgardy sa vyrovnal celkom originálnym spôsobom.
Koncom [[50. roky 20. storočia|50. rokov]] reagoval na formalizmus, ktorý bol v tomto období veľmi rozrastený v rámci vtedajšej ideológie, ale zároveň to bola aj kritická reakcia na neskorý romantizmus a českú modernu.
V [[60. roky 20. storočia|60. rokov]] spôsobil rozruch medzi niekoľkými, vtedy patrónmi slovenskej hudby spôsobil rozruch svojimi skladbami, ktorými ako jeden z prvých nadviazal na postwebernovkú líniu. V skladbách zo 60. rokov dominovala zvukovosť, skúšaná a prenesená aj do hlasového prejavu (kantáta OŚWIECZIM, METAMORFÓZY XV pre komorný súbor a recitátora na latinský text OvídiaOvidia, ZAKLINADLÁZAKLÍNADLÁ pre zbor a orchester na vlastný latinský text). V tomto období dospieva aj k vlastnému grafickému záznamu na spôsob poľskej školy. Spolupracoval tiež so Zvukovým pracoviskom Čs. televízie v Bratislave a neskôr aj s ElektroakustickýmExperimentálnym štúdiom ČeskoslovenskéhoČs. rozhlasu(1961) v Bratislave. Výsledkom je množstvo scénickej a filmovej hudby.
Keďže 70. roky sa niesli vo všeobecnej stagnácii kultúry i spoločnosti, Zeljenka sústreďuje tvorbu najmä pre ľudové súbory a napája sa na neoromantickú orientáciu v európskej hudbe. Mnohé diela z tohto obdobia boli predvedené až neskôr.
