Zaradenie Archaea v [[systém živých organizmov|systéme živých organizmov]] je nejednoznačné. V roku [[1978]] [[C. R. Woese]] navrhol rozdeliť živé organizmy do troch domén[[ríša (taxonómia)|ríší]]: Archaebacteria, Eubacteria a Eukaryotes. V minulosti sa zaraďovali ako [[oddelenie (taxonómia)|oddelenie]] alebo [[podríša]] baktérií. Podľa [[Bergey´s Manual of Systematic Bakteriology]] patrili Archaea do [[trieda (taxonómia)|triedy]] ríše Prokaryotae ([[Monera]]). V súčasnosti sa Archaea vyčleňujú ako samostatnásamostatné doména[[impérium (taxonómia)|impérium]], taxón stojaci nad ríšou. Ďalšie doményimpériá sú [[Prokarya]] a [[Eukarya]].
Ak sa Archaea považujú za ríšu, obyčajne sa rozdeľujú na dva kmene (oddelenia):