Ako 18-ročného si ho na jar [[1994]] vytiahol z dorastu tréner prvého družstva Milan Hudec. V lete [[1995]] odišiel na hosťovanie do [[Calex Zlaté Moravce|Calexu Zlaté Moravce]] a v zime [[1996]] prestupil do [[FK NCHZ Nováky|Novák]], ktorým pomohol vybojovať [[Druhá najvyššia futbalová súťaž na Slovensku|2. ligu]]. Tam na seba upútal pozornosť viacerých klubov, nakoniec sa záujem zúžil na [[ŠK Slovan Bratislava|Slovan Bratislava]], [[FC Spartak Trnava|Spartak Trnava]] a [[FC Slovan Liberec|Slovan Liberec]], ktorý dal najlepšiu ponuku. No sám sa rozhodol pre [[FC Spartak Trnava|Spartak ]] a v [[december|decembri]] [[1999]] si tak splnil sen,<ref>{{cite web|url=http://archive.todayis/h7t7|title=Petrovi Černákovi sa splnil sen - bude hrať za Trnavu |publisher=sita|date=30. december 1999}}</ref> keď s ním podpísal dvojročnú zmluvu. Uviedol sa dobre, hneď v prvom [[Mars superliga|Mars superligovom]] zápase vstrelil gól, no postupne sa mu prestalo dariť a po 1,5 roku sa vrátil späť do [[FK NCHZ Nováky|Novák]]. <ref>{{cite web|url=http://www.spartak.sk/fcst.php?clanok=2131|title=Černák na hosťovanie|publisher=spartak.sk|date=17. júl 2001}}</ref> Po roku prešiel celý klub do [[Topoľčany|Topoľčian]], pričom zmenil názov na [[FK NCHZ Nováky|MŠK Topvar - Horná Nitra Topoľčany]], a o ďalší rok sa zlúčením presťahoval do [[FK Baník Prievidza|Prievidze]]. <ref>{{cite web|url=http://nitra.sme.sk/c/4748716/necakany-obrat-v-topolcanoch-druha-liga-sa-stahuje-do-prievidze.html|title=Druhá liga sa sťahuje do Prievidze|publisher=nitra.sme.sk|date=10. jún 2002}}</ref> V zime 2005 prestúpil do druholigového [[FC ViOn Zlaté Moravce]], ktoré ako kapitán v roku [[2007]] priviedol k zisku Slovenského pohára <ref>{{cite web|url=http://sport.sme.sk/c/3285738/slov-pohar-pre-zl-moravce-vion-rozdrvil-senec.html|title=Pohár pre Zlaté Moravce|publisher=šport.sme.sk|date=8. máj 2007}}</ref> a k postupu do [[Corgoň liga|Corgoň ligy]]. V zápase [[Slovenský futbalový superpohár|superpohára]] s majstrovskou [[MŠK Žilina|Žilinou]] prehral až po penaltovom rostrele, pričom premenil prvú jedenástku.<ref>{{cite web|url=http://futbal.pravda.sk/ostatne/clanok/118401-superpohar-ziskala-po-penaltach-zilina/|title=Superpohár získala Žilina|publisher=pravda.sk|date=7. júl 2007}}</ref> V lete 2007 si zahral v predkolách [[Pohár UEFA|pohára UEFA]]. V zápase na pôde [[FC Almaty]] vyrovnal na konečných 1:1 a zariadil postup.<ref>{{cite web|url=http://futbal.pravda.sk/europska-liga-uefa/clanok/121584-uefa-zl-moravce-si-zahraju-v-2-predkole|title=Zlaté Moravce si zahrajú v 2. predkole|publisher=futbal.pravda.sk|date=2. august 2008}}</ref> V januári [[2008]] si ho vyhliadol [[ŠK Slovan Bratislava]], <ref>{{cite web|url=http://www.profutbal.sk/spravy/?clanok=55424|title=Slovan ulovil Černáka|publisher=profutbal.sk|date=4. január 2008}}</ref> s ktorým získal titul aj [[Slovenský superpohár vo futbale 2009|Superpohár]].<ref>{{cite web|url=http://prievidza.sme.sk/c/6097228/peter-cernak-musime-opat-zacat-vyhravat.html|title=Peter Černák: Musíme opäť začať vyhrávať|publisher=sme.sk|date=5. 10. 2011 }}</ref> Na jeseň [[2009]] prestúpil do [[SK Dynamo České Budejovice|Českých Budejovíc]], <ref>{{cite web|url=http://www.profutbal.sk/spravy/?clanok=79297|title=Černák prestupuje do Č. Budejovíc|publisher=profutbal.sk|date=16. september 2009}}</ref> kde strávil dve sezóny. V roku [[2011]] prijal ponuku prezidenta novovzniknutého klubu [[FC Baník Horná Nitra]] a po rokoch sa vrátil domov. Okrem aktívneho hrania pôsobí aj v štruktúrach klubu ako športový riaditeľ.<ref>{{cite web|url=http://www.fcbanikhn.sk/novinky/detail/sport-ako-banik-ziskal-exligistov-belaka-a-cernaka-16.html|title=Ako Baník ulovil exligistov|publisher=fcbanikhn.sk}}</ref> Aj jeho zásluhou sa klubu za dva roky podarilo dvakrát postúpiť a v uplynulej sezóne mu postup do 3. ligy ušiel o vlások.
