V novembri [[1993]] ho prezident SR vymenoval za [[Generálny prokurátor Slovenskej republiky|generálneho prokurátora Slovenskej republiky]]. V tejto funkcii zotrval do vymenovania za člena vlády SR.
V2. rokumája [[1996]], tri dni po výbuchu auta (2.mája), v ktorom zahynul [[Róbert Remiáš]], vyhlásil Hudekov hovorca Debnár, že príčinou výbuchu bola pravdepodobne porucha na propán-butánovom pohone vozidla. Ministerstvo vnútra pod vedením Ľudovíta Hudeka tak nečakalo na závery z vyšetrovania a zverejnilo neoverenú a nepravdivú informáciu. Ako sa neskôr ukázalo, táto teória bola jednou z viacerých, ktoré mali odviesť pozornosť verejnosti od podstaty problému a od prieťahov vo vyšetrovaní kauzy únosu [[Michal Kováč (rozlišovacia stránka)|Michala Kováča ml.]] do zahraničia.