Neskôr bol preväčšinou niektoréčlenov teologickéjeho cirkvi z pozície pastora vylúčený. Významným dôvodom boli Jeho nezhody s väčšinou90% predstavenstvačlenov jeho cirkvicirkevného zzhromaždenia pozíciev pastoraotázkach vylúčenýcirkevnej disciplíny a v tom, kto mohol pristupovať k prijímaniu Večere Pánovej. Potom bol [[1750]]-[[1757]] misionárom u Indiánov v Stockbridge na pomedzí bieleho osídlenia; písal tam ďalšie bohoslovecké a dômyselné filozofické knihy, najmä ''Freedom of the Will'' ([[1754]], Sloboda vôle), ktorá popri ''Religious Affections'' značne ovplyvnila protestantských teológov, z ktorých sú dnes známi napr. [[John Piper|Dr. John Piper]], alebo Dr. R.C. Sproul. V roku [[1757]] ho povolali za prezidenta kolégia New Jersey (neskoršia Princetonská univerzita). Edwards domýšľal rozpory súdobého idealizmu až do posledných dôsledkov, pričom dosahoval myšlienkovú originalitu.
