Vytváranie melatonínu v [[Šuškovité teliesko|epifýze]] ovplyvňuje intenzita svetla: svetlo brzdí jeho tvorbu. Tvorí sa ho osem až desaťkrátdesaťnásobne viac v [[noc]]i, ako cez [[deň]], a taktým melatonín podmieňuje denný (cirkadiánny) rytmus človeka a cicavcov a je signálom pre telo o aktuálnom „subjektívnom čase“ jednak v rámci 24 hodín, jednak v priebehu roka. So striedaním sa dĺžky nocínoci počas roka sa mení aj dĺžka trvania zvýšenej hladiny melatonínu v [[Krvná plazma|krvnej plazme]]. Zmena dĺžky trvania vysokej hladiny je tak signálomsignál o aktuálnom „čase v roku“. To má zásadný význam najmä upri sezónnych zvieratzvieratách.
MáNo všakmá aj imunomodulačný účinok, antioxidačný (ako [[scavenger]] voľných radikálov), [[onkostatický]] a [[Apoptóza|proapoptotický]] účinok, vplyv na transportné procesy v tráviacomtráviacej systémesústave, ovplyvňuje motilitu čriev.
Jeho tvorbuvytváranie ovplyvňuje elektromagnetické žiarenie a má aj antigonadotropný účinok – brzdí tvorbuvytváranie pohlavných [[hormón]]ov (je antagonistom [[gonadotropín]]ov [[hypofýza|hypofýzy]]).
