31. mája 2017 [[Ústavný súd Slovenskej republiky|Ústavný súd SR]] zrušenie amnestiami uznesením Národnej rady potvrdil. Svoje rozhodnutie vyhlásil 6 dní pred skončením 6O60 dňovej lehoty, ktorú určili poslanci. Za zrušenie amnestií bolo osem z desiatich sudcov. Proti zrušeniu boli sudcovia [[Peter Brňák]] a [[Milan Ľalík]]. Sudcovia [[Ivetta Macejková]], [[Ľudmila Gajdošíková]] a [[Lajos Mészáros]] mali iný názor k časti odôvodnenia, ale hlasovali za.<ref name=potvrdene/> V komuniké k rozhodnutiu Ústavný súd napísal: „''Amnestovaním skutkov súvisiacich so zavlečením Michala Kováča ml. do cudziny predseda vlády Vladimír Mečiar porušil princíp zákazu svojvôle, princíp legality, princíp ochrany ľudských práv a základných hodnôt v spojení s princípom rešpektovania medzinárodných záväzkov, princíp deľby moci, princíp transparentnosti a verejnej kontrolovateľnosti.''“<ref name=potvrdene/>
