Z rastlín to bývajú rôzne druhy jednoduchých plesní a machov. Mikrobiológovia v slovenských jaskyniach intenzívne skúmajú bohatý podzemný svet mikroorganizmov.
Jaskyne slúžia aj ako prechodné útočisko pre [[netopiernetopiere (rad)|netopiere]]e, zdržujúce sa v nich iba počas dňa; mnohé druhy netopierov v nich aj prezimovávajú. Blízko pri povrchu si v podzemí nachádzajú úkryt z rôznych dôvodov aj niektoré väčšie cicavce, napr. šelmy – v podmienkach slovenských jaskýň využívajú podzemné priestory [[medvede|medveď]] (zimovanie), [[vlky|vlk]] (ukrývanie mláďať), [[líšky|líška]] (zimovanie), [[rysy|rys]] (denný úkryt), [[mačky divé|mačka divá]] (denný úkryt), [[jazvece|jazvec]] (denný úkryt, zimovanie), introdukovaný [[psíky medvedíkovité|psík medvedíkovitý]] (denný úkryt) a pod.
