Po parlamentných voľbách 2016 bol opäť vymenovaný za ministra vnútra SR. V tomto období čelil podozreniam o obchodovaní s človekom obžalovaným z podvodu na vratkách DPH ([[Ladislav Bašternák]]), ktorý je zároveň majiteľom rezidenčného komplexu [[Bonaparte]], v ktorom bývabýval predseda vlády [[Robert Fico|Róbert Fico]].<ref>{{Citácia periodika | priezvisko = | meno = | autor = | odkaz na autora = | titul = Kaliňákove kauzy | periodikum = dennikn.sk | odkaz na periodikum = Denník N | url = https://dennikn.sk/tema/kauza-dph/ | issn = 1339-844X | vydavateľ = N Press | miesto = Bratislava | dátum = 2018-03-22 | dátum prístupu = 2018-03-28 }}</ref><ref>{{Citácia periodika | priezvisko = | meno = | autor = | odkaz na autora = | titul = Všetko o kauze Bašternák, ktorá vyvolala vlnu demonštrácií. | periodikum = Aktuality.sk | odkaz na periodikum = | url = https://tema.aktuality.sk/kauza-basternak-kalinak-pociatek/ | issn = | vydavateľ = Ringier Axel Springer Slovakia | miesto = Bratislava | dátum = | dátum prístupu = 2018-03-28 }}</ref> Počas tohto obdobia bol taktiež dvakrát podaný návrh na vyslovenie nedôvery voči jeho osobe, nakoľko bol v konflikte záujmov v tomto vyšetrovaní.
