Historické snahy o klasifikáciu živých organizmov sú z veľkej časti práve klasifikáciou eukaryotov, keďže len medzi eukaryotmi sa vyskytujú veľké organizmy, ktoré boli známe od počiatkov histórie ľudstva. Na najvyššej úrovni v priebehu času dochádzalo k veľkým zmenám. Zatiaľ čo [[Carl Linné|Linné]] rozoznával len dve základné [[ríša (taxonómia)|ríše]], [[rastliny]] a [[živočíchy]], postupne sa ukázalo, že tieto dve skupiny (aako tiežaj niektoré [[jednobunkový organizmus|jednobunkovce]] a [[huby]]) sú si v mnohých oblastiach vzájomne podobné a zároveň diametrálne odlišné od [[baktérie|baktérií]]. Pravdepodobne prvým, kto si to uvedomil, bol francúzsky biológ [[Edouard Chatton]]. Ten v roku [[1937]] navrhol deliť všetky živé organizmy na dve ríše, eukaryotaEukaryota a [[prokaryotaProkaryota]]. Jeho návrh sa však neujal a znovu sa k nemu v roku 1962 vrátili [[Roger Stanier]] a [[Cornelius Van Niel]]. Hoci vV súčasnosti jesa termín prokaryotaProkaryota považovanýpoužíva zapomenej zastaraný(lebo aide nerešpektujúcipravdepodobne fylogenetickýo vývojparafyletický taxón, keďže eukaryoty sa vyvinuli z jednej jeho časti), taxón eukaryotaEukaryota sa stále bežne používa.<ref>{{Citácia periodika |meno=Jan |priezvisko=Sapp |mesiac=jún |rok=2005 |titul=The prokaryote-eukaryote dichotomy: meanings and mythology |periodikum=Microbiology and Molecular Biology Reviews |ročník=69 |číslo=2 |strany=292–305 |pmid=15944457 |pmc=1197417 |doi=10.1128/MMBR.69.2.292-305.2005 |jazyk=po anglicky}}</ref> V roku 1990 ho podporili [[Carl Woese]], Otto Kandler a Mark Wheelis, ktorí rozčlenili všetok život do troch [[doména (taxonómia)|domén]], [[Archea|Archaea]], [[Baktérie|Bacteria]] a Eucarya.<ref name=Woese1990>{{Citácia periodika |meno=C. R. |priezvisko=Woese |meno2=O. |priezvisko2=Kandler |meno3=M. L. |priezvisko3=Wheelis |mesiac=jún |rok=1990 |titul=Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya |periodikum=Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America |ročník=87 |číslo=12 |strany=4576–9 |pmid=2112744 |pmc=54159 |url=http://www.pnas.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=2112744 |jazyk=po anglicky}}</ref>
Tradične sa eukaryoty delili na niekoľko ríšíríš, napríklad podľa [[Robert Whittaker|Whittakera]]<ref name="Whittaker1969">{{Citácia periodika |meno=R. H. |priezvisko=Whittaker |mesiac=január |rok=1969 |titul=New concepts of kingdoms or organisms. Evolutionary relations are better represented by new classifications than by the traditional two kingdoms |periodikum=Science |ročník=163 |číslo=863 |strany=150–60 |pmid=5762760 |doi=10.1126/science.163.3863.150 |jazyk=po anglicky}}</ref> na ríše [[živočíchy]] (''Animalia''), [[rastliny]] (''Plantae''), huby (''Fungi'') a ''[[Protista]]''. [[Thomas Cavalier-Smith|Cavalier-Smith]] ďalej od nich oddelili organizmy, ktoré získali [[plastid]] pohltením [[červené riasy]], ako novú ríšu [[Chromisty|Chromista]].<ref>{{Citácia periodika |meno=Thomas |priezvisko=Cavalier-Smith |mesiac=jún |rok=2004 |titul=Only six kingdoms of life |periodikum=Proceedings. Biological Sciences |ročník=271 |číslo=1545 |strany=1251–62 |pmid=15306349 |pmc=1691724 |doi=10.1098/rspb.2004.2705 |jazyk=po anglicky}}</ref> Dnes sa však presadzujú úplne odlišné systémy.<ref name=novysystem />
