Zirkón sa vyskytuje ako [[akcesorický minerál]] vo [[Vyvretá hornina|vyvretých]] (hlavne v [[Intruzívna hornina|hlbinných]]). Bežný jaje hlavne v kyslých horninách ako sú [[granit]]y, [[granodiorit]]y až [[monzonit]]y. Hojný je aj v [[nefelinický syenit|nefelinických syenitoch]].<ref name="klein"/> Väčšie [[kryštál]]y sa dajú nájsť v [[žulový pegmatit|pegmatitoch]]). Je to protomagmatický minerál, kryštalizuje z taveniny ako jeden z prvých minerálov. Známy je tiež z [[Premenená hornina|premenených hornín]] (ako rekryštalizované zrná) napr. v [[mramor]]och, [[svor (hornina)|svoroch]] a [[rula|rulách]]. Nakoľko je pomerne dobre odolný voči [[Zvetrávanie|zvetrávaniu]], zachováva sa ako ťažký minerál v [[Usadená hornina|usadených]] [[Hornina|horninách]] a náplavoch.
