Jelšava leží na železničnej trati [[Železničná trať Plešivec – Muráň|165 z Plešivca do Muráňa]], ktorá fungujebola oduvedená do prevádzky v roku 1893. Počas okupácie Jelšavy po Viedenskej arbitráži sa na sever od mesta začali stavať tzv. [[Gemerské spojky]], keďže časti železničnej siete boli odčlenením južných oblastí krajiny odrezané. V roku 2011 bola na trati 165 pozastavená osobná doprava po tom, ako bola už predtým zastavená od februára do júna 2003.<ref name="cellar">{{Citácia elektronického dokumentu | priezvisko = Čellár | meno = Michal | autor = | odkaz na autora = | titul = Jelšava - Železničná stanica | url = https://www.vlaky.net/trate/objekt/184/zeleznicna-stanica-jelsava/ | vydavateľ = VLAKY.NET | dátum vydania = | dátum aktualizácie = | dátum prístupu = 2020-05-05 | miesto = Trnava | jazyk = }}</ref> Cez mesto prechádzajú dve cesty druhej triedy, z juhu na sever vedie [[Cesta II. triedy 532 (Slovensko)|Cesta 532]] z [[Tornaľa|Tornale]] do [[Muráň]]a, zo západu na východ mesto pretína druhý úsek [[Cesta II. triedy 526 (Slovensko)|Cesty 526]] vedúci zo [[Stará Huta|Starej Huty]] do [[Rožňava|Rožňavskej Bane]].
