Profesor Peter Zubko je autorom vedeckých a odborných monografií, vysokoškolskej učebnice a vedeckých a odborných štúdií a článkov v domácich a zahraničných periodikách a zborníkoch. V rokoch 2007 – 2008 realizoval prednáškový pobyt na Karlovej univerzite v Prahe a v roku 2007 aj prednáškový pobyt na Jihočeskej univerzite v Českých Budějoviciach. Prednáša na Katolíckej univerzite v Ružomberku a od roku 2011 pôsobí v Slavistickom ústave Jána Stanislava SAV na čiastkový úväzok. Spolupracuje na vedeckovýskumných projektoch súvisiacich s vydávaním medzinárodnej vedeckej edície ''Monumenta byzantino-slavica et latina Slovaciae''.<ref name=":0">{{Citácia elektronického dokumentu|titul=slavu.sav.sk|url=http://slavu.sav.sk/pracovnici/zubko.php|dátum prístupu=2016-12-24|vydavateľ=slavu.sav.sk}}</ref>
