Prehľad zaradení korytnačiek v systéme pozri vyššie v úvode tohto článku.
Tradične sa korytnačky najčastejšie považovali za jedinú ešte žijúcu vetvu skupiny nazývanej [[anapsidy]] či [[Parareptilia]], ktorá obsahuje skupiny ako [[Millerettidae]], [[Procolophonoidea]] a [[Pareiasauria]]. [[Lebka]] všetkých druhov anapsíd nemá otvory v [[spánková kosť|spánkovej oblasti]]. Všetky ostatné žijúce druhy blanovcov (Amniota) majú práve tieto lebečné otvory. Väčšina anapsíd vyhynula v neskorom [[perm]]e s výnimkou skupiny [[Procolophonoidea]] a predchodcov korytnačiek, ktorí vymreli neskôr. Neskôr však bolo preukázané, že typická vlastnosť anapsíd, ktorú prevzala aj korytnačia lebka, neznamená, že sú korytnačky vývojovo príbuzné s ostatnými anapsidami, ale ide len o prípad [[konvergencia (evolúcia)|konvergentnej]] [[evolúcia|evolúcie]].; korytnačky v Korytnačkyskutočnosti vývojovo patria medzi [[diapsidy]]. V rámci diapsíd sa najprv zdalo, že patria o niečo bližšie k lepidosaurom ako k archosaurom.<ref>{{Citácia periodika | autor = Rieppel O, DeBraga M | titul = Turtles as diapsid reptiles | periodikum = Nature | ročník = 384 | strany = 453–5 | rok = 1996 | doi = 10.1038/384453a0}}</ref><ref>{{Citácia elektronického dokumentu | priezvisko = Lyson | meno = Tyler R. | priezvisko2 = Sperling | meno2 = Erik A. | priezvisko3 = Heimberg | meno3 = Alysha M. | spoluautori = Jacques A. Gauthier, Benjamin L. King, Kevin J. Peterson. | titul = MicroRNAs support a turtle + lizard clade | periodikum = Biology Letters | dátum vydania = 20-7-2011 | poznámky = online pred tlačou | url = http://rsbl.royalsocietypublishing.org/content/early/2011/07/08/rsbl.2011.0477.abstract | issn = 1744-957X | doi = 10.1098/rsbl.2011.0477 | jazyk = anglicky}}</ref><ref>[http://www.physorg.com/news/2011-07-discovery-turtles-lizards-family-tree.html New discovery places turtles next to lizards on family tree] (popularizačný článok k predchádzajúcej referencii), ''PhysOrg'', 20. 7. 2011 (anglicky)</ref>, podľa niektorých neskorších prác patria skôr bližšie k archosaurom ako k lepidosaurom<ref>{{Citácia elektronického dokumentu | priezvisko = Chiari | meno = Ylenia | priezvisko2 = Cahais | meno2 = Vincent | priezvisko3 = Galtier | meno3 = Nicolas | spoluautori = DELSUC, Frédéric. | titul = Phylogenomic analyses support the position of turtles as the sister group of birds and crocodiles (Archosauria) | periodikum = BMC Biology | dátum vydania = 27-7-2012 | ročník = 10 | číslo = 65 | strany = 1-44 | url = http://www.biomedcentral.com/1741-7007/10/65 | url2 = http://www.biomedcentral.com/content/pdf/1741-7007-10-65.pdf | issn = 1741-7007 | doi = 10.1186/1741-7007-10-65 | pmid = 22839781 | jazyk = anglicky}}</ref> alebo patria vedľa taxónu tvoreného (najmä) archosaurami a lepidosaurami. Preskúmaním predchádzajúcich fylogenetických stromov, ktoré dokazovali príbuznosť korytnačiek s anapsidmi, bolo zistené, že mylné zaradenie korytnačiek bolo spôsobené počiatočným predpokladom, že korytnačky patria medzi anapsidy (a skôr skúmali, aký typ anapsíd korytnačky sú), ako aj nedostatočne širokou vzorkou [[fosília|fosílnych]] a recentných [[taxón]]ov nutných na zostrojenie [[kladistika|kladogramu]]. Dnes sa štandardne uvádza, že korytnačky sú diapsidné.<ref>{{Citácia knihy|priezvisko=Benton|meno=M. J.|titul=Vertebrate Paleontology|vydanie=2nd|vydavateľ=Blackwell Science Ltd|miesto=London|rok=2000|isbn=0632056142}}, 3rd ed. 2004 ISBN 0-632-05637-1</ref><ref>{{Citácia periodika | priezvisko = Zardoya | meno = R. | spoluautori = Meyer, A. | rok = 1998 | titul = Complete mitochondrial genome suggests diapsid affinities of turtles | url = http://www.pubmedcentral.gov/articlerender.fcgi?artid=24355 | periodikum = Proc Natl Acad Sci U S A | issn = 0027-8424 | ročník = 95 | číslo = 24 | strany = 14226–14231 | doi = 10.1073/pnas.95.24.14226 | pmid = 9826682}}</ref><ref>{{Citácia periodika | priezvisko = Rieppel | meno=O. | spoluautori = deBraga, M. | rok = 1996 | titul = Turtles as diapsid reptiles | periodikum = Nature | ročník = 384 | strany = 453–455 | doi = 10.1038/384453a0}}</ref>
