Okrem svojho sídla v pevnosti Paks Margareeta je múzeum situované aj v prístavisku hydroplánov Lennusadam ({{vjz|eng|Seaplane Harbour}}) na ulici Vesilennuki. Táto časť múzea obsahuje aj ponorku Lembit z 30. rokov 20. storočia, storočný parný ľadoborec Suur Tõll či repliku hydroplánu Short 184. Kapacita hangára pre prenajaté spoločenské akcie je až 1500 osôb.<ref>{{Citácia elektronického dokumentu|titul=WSWC 2018 gala-party|url=https://sk.wikipedia.org/wiki/WSWC_2018_v_Talline#V%C3%BDsledky_a_sprievodn%C3%BD_program|dátum prístupu=2020-05-09}}</ref> Filiálnou expozíciou Estónskeho námorného múzea je špecializované ''Múzeum mín'', ktoré sa nachádza tiež v Talline (ulica Uus 37)<ref>{{Citácia elektronického dokumentu|titul=Mine Museum (Tallinn) - 2021 All You Need to Know BEFORE You Go (with Photos)|url=http://www.tripadvisor.com/Attraction_Review-g274958-d3525098-Reviews-Mine_Museum-Tallinn_Harju_County.html|vydavateľ=Tripadvisor|dátum prístupu=2021-05-09|jazyk=en}}</ref>: počas 2. svetovej vojny bolo totiž Baltické more husto zamínované a v tomto múzeu sú aj exponáty z čias cárskeho Ruska. S expozíciami námorného múzea susedí prístav Tallin a neďaleko od neho sa nachádza na pobreží významný pamätník Russalka<ref>{{Citácia elektronického dokumentu|titul=Russalka|url=https://visittallinn.ee/eng/visitor/see-do/things-to-do/attractions-museums/176955/russalka|vydavateľ=Visit Tallinn|dátum prístupu=2021-05-09|jazyk=en-gb|meno=Tallinn City Tourist Office & Convention|priezvisko=Bureau|meno2=Tallinn City Tourist Office & Convention|priezvisko2=Bureau}}</ref> ako pieta za vojenskú loď, ktorá havarovala v roku 1893 a zahynulo pri tom 177 námorníkov.
