V auguste 2016 Stefán Karl oznámil, že mu bol diagnostikovaný s cholangiokarcinomcholangiokarcinóm. Následne bola vytvorená kampaň GoFundMe, spisovateľom LazyTownu Markom Valentimom, aby zaplatil svoje životné náklady, keď sa stal príliš chorým na prácu. Kampaň bola popularizovaná rôznymi užívateľmi služby [[YouTube]], ktorí nahrali paródie diela Stefana Karla, čo viedlo k tomu, že sa skladby „We are Number One“ a „The Mine Song“ z ''LazyTownu'' stávajú internetovým mémom. V auguste 2017 uvedol Stefán Karl, že je v remisii. Na svojej kampani GoFundMe objasnil, že zatiaľ, čo jeho [[Metastáza|metastázy]] boli odstránené po úspešnej operácii pečene v júni 2017, bol stále chorý a odmietol ďalšiu adjuvantnú terapiu.
V marci 2018 bol StefánStefánovi KarlKarlovi diagnostikovaný sneoperovateľný neoperovateľným cholangiokarcinomomcholangiokarcinóm a uviedol, že podstupuje [[Chemoterapia|chemoterapiu]] k predĺženiu života. V auguste 2018 oznámil, že sa osobne rozhodol prerušiť chemoterapiu a ukončil všetky svoje účty na sociálních sieťach.
Zomrel 21. augusta 2018 vo veku 43 rokov. Jeho žena uviedla, že „podľa priania Stefána nebude žiadny pohreb“.
