Enterotoxín je toxická (jedovatá) látka, ktorá má nepriaznivé účinky na tráviaci trakt človeka alebo iných živočíchov. Môže byť vytvorená umelo (chemicky v laboratóriu), alebo môže byť biologickým produktom mikroorganizmov – napríklad choleragén u Vibrio cholerae (vyvoláva typické vodnaté stolice pri cholere).