Systém nahosemenných rastlín podľa Hrabovský et al. 2016

V súčasnosti sa v systéme vyšších rastlín zohľadňujú molekulárne analýzy ich genómu. Nasledovný systém zohľadňuje najnovšie poznatky z molekulárnej systematiky a paleobotaniky. Pre tento systém boli navrhnuté slovenské mená . Podobný systém sa používa pre výtrusné (PPG I) aj krytosemenné rastliny (APG IV).

Oddelenie: cievnaté rastliny (Tracheophyta)

• Trieda: semenné rastliny (Spermatopsida)
  • Podtrieda: nahosemenné rastliny (Gymnospermae)
    • (skupina s manoxylickým drevom)
      • Vetva:†lyginopteridy (Lyginopteridae†)
        • Rad:†lyginopterotvaré (Lyginopteridales†)
        • Rad:†kalamopítyotvaré (Calamopityales†)
        • Rad:†kalistofytonotvaré (Callistophytales†)
      • Vetva: Cykasy (Cycadidae)
        • Rad:†stržňovkotvaré (Medullosales†)
        • Rad:†gigantopterotvaré (Gigantopteridales†)
        • Rad:†fasmatocykasotvaré (Phasmatocycadales†)
        • Rad: cykasotvaré (Cycadales)
          • Čeľaď: cykasovité (Cycadaceae)
          • Čeľaď: zamiovité (Zamiaceae)
      • Vetva:†bennettitidy (Bennettitidae†)
        • Rad:†fredlindiotvaré (Fredlindiales†)
        • Rad:†cykasovkotvaré (Bennettitales†)
        • Rad:†nataligmotvaré (Nataligmales†)
        • Rad:†dinofytonotvaré (Dinophytonales†)
        • Rad:†pentoxylonotvaré (Pentoxylales†)
    • (skupina s pyknoxylickým drevom drevom)
      • Rad:†dvojhrotovcotvaré (Dicranophyllales†)
        • Čeľaď:†dvojhrotovcovité (Dicranophyllaceae†)
        • Čeľaď:†trichopítyovité (Trichopityaceae†)
      • Vetva: Ginká (Ginkgoidae)
        • Rad:†jazyčnatcotvaré (Glossopteridales†)
        • Rad:†bernetiotvaré (Bernettiales†)
        • Rad:†palísyotvaré (Palissyales†)
        • (jadrové ginká)
          • Rad:†peltaspermotvaré (Peltaspermales†)
          • Rad:†umkomasiotvaré (Umkomasiales†)
          • Rad:†dordrechttiotvaré (Dordrechtitales†)
          • Rad:†petrielotvaré (Petriellales†)
          • Rad:†kaytóniotvaré (Caytoniales†)
          • Rad:†matatielotvaré (Matatiellales†)
          • Rad: ginkotvaré (Ginkgoales)
          • Rad:†čekanovskiotvaré (Leptostrobales†)
          • Rad:†irániotvaré (Iraniales†)
          • Rad:†hamšóviotvaré (Hamshawviales†)
      • Vetva: ihličnany (Coniferae)
        • Rad:†kordaitotvaré (Cordaitales†)
        • Rad:†voltziotvaré (Voltziales†)
        • Vetva: pinidy (Pinidae)
          • Rad: borovicotvaré (Pinales)
            • Čeľaď: borovicovité (Pinaceae)
        • Vetva: gnetidy (Gnetidae)
          • Rad: chvojníkotvaré (Ephedrales†)
            • Čeľaď:†drewriovité (Drewriaceae†)
            • Čeľaď: chvojníkovité (Ephedraceae)
          • Rad: velvíčiotvaré (Welwitschiales)
            • Čeľaď:†Fraxinopsiaceae
            • Čeľaď: velvíčiovité (Welwitschiaceae)
          • Rad:†Eoanthales
          • Rad: lianovcotvaré (Gnetales)
        • Vetva: cupressidy (Cupressidae)
          • Rad: araukáriotvaré (Araucariales)
            • Čeľaď: araukáriovité (Araucariaceae)
            • Čeľaď: nohovcovité (Podocarpaceae)
          • Rad: cyprusotvaré (Cupressales)
            • Čeľaď: dáždnikovcovité (Sciadopityaceae)
            • Čeľaď: cyprusovité (Cupressaceae)
            • Čeľaď:†dešéliovité (Dechellyiaceae†)
            • Čeľaď: tisovité (Taxaceae)