Eukaryotické genómy sú vo všeobecnosti väčšie než prokaryotické, čomu musí byť prispôsobený celý proces replikácie. Na rozdiel od baktérií, ktoré majú iba jeden replikačný začiatok (miesto, v ktorom začína replikácia), eukaryoty majú viac replikačných začiatkov. U kvasinky ''[[Saccharomyces cerevisiae]]'' sa tieto replikačné začiatky označujú [[ARS]] a je ich okolo 400 (u [[obojživelníky|obojživelníkov]] však ich je až 15 000). Z týchto replikačných začiatkov smerujú oboma smermi replikačné vidlice v tvare písmena Y. Keď sa stretnú dve protiidúce replikačné vidlice, jednoducho dôjde k ich splynutiu.<!-- <ref name=redei /> -->
V replikácii eukaryotického genómu zrejme hrá úlohu väčšie množstvo rôznych proteínov. Príkladom je situácia u SSB proteínov: u baktérií sú tieto „stabilizátory jednovláknovej DNA“ zložené z jedinej podjednotky, u eukaryotov se skladajú z troch podjednotiek.<!-- <ref name=molbio /> --> Situácia je zložitejšia aj čo sa týka počtu DNA polymeráz. U eukaryotov ich bolo nájdených najmenej 15.<ref>{{citáciaCitácia elektronickéhoknihy dokumentu|meno=Jussi titul|priezvisko=Tuusa |rok=2001 |kapitola=Eukaryotic DNA polymerases |url kapitoly=http://herkules.oulu.fi/isbn9514265815/html/i276224.html |titul=Human DNA polymerase ε;Expression|vydavateľ=Oulun yliopisto |miesto=Oulu |isbn=951-42-6581-5 |strany= |jazyk=po anglicky}}</ref> [[DNA polymeráza α]] obsahuje podjednotku, phosphorylationktorá andfunguje proteinako [[primáza]], a je schopná vytvoriť na začiatku každého [[Okazakiho fragment]]u RNA primer, pričom k nemu pridá niekoľko DNA nukleotidov. Potom zrejme uvoľní miesto na 3' konci predlžujúceho sa reťazca [[DNA polymeráza δ|DNA polymeráze δ]]. Vedúci reťazec je zrejme tiež načatý DNA polymerázou α, ale na rozdiel od oneskorujúceho sa reťazca sa tu zrejme odovzdáva vlákno [[DNA polymeráza ε|DNA polymeráze ε]] (ale stále sa o tom vedú diskusie).<ref>{{Citácia periodika |meno=Zachary F. |priezvisko=Pursell |meno2=Isabelle |priezvisko2=Isoz |meno3=Else-proteinBritt interactions:|priezvisko3=Lundström Eukaryotic|spoluautori=et al. |mesiac=júl |rok=2007 |titul=Yeast DNA polymerasespolymerase epsilon participates in leading-strand DNA replication |urlperiodikum=Science http:|ročník=317 |číslo=5834 |strany=127–30 |pmid=17615360 |pmc=2233713 |doi=10.1126/science.1144067 |jazyk=po anglicky}}</herkulesref><ref name="Scott D McCulloch; Thomas A Kunkel 148-161">{{Citácia periodika |meno=Scott D.oulu |priezvisko=McCulloch |meno2=Thomas A.fi |priezvisko2=Kunkel |mesiac=januar |rok=2008 |titul=The fidelity of DNA synthesis by eukaryotic replicative and translesion synthesis polymerases |periodikum=Cell Research |ročník=18 |číslo=1 |strany=148–61 |pmid=18166979 |doi=10.1038/isbn9514265815/html/i276224cr.html|2008.4 autor|jazyk=po anglicky}}</ref>
Tuusa| meno=Jussi }}</ref> [[DNA polymeráza α]] obsahuje podjednotku, ktorá funguje ako [[primáza]], a je schopná vytvoriť na začiatku každého [[Okazakiho fragment]]u RNA primer, pričom k nemu pridá niekoľko DNA nukleotidov. Potom zrejme uvoľní miesto na 3' konci predlžujúceho sa reťazca [[DNA polymeráza δ|DNA polymeráze δ]]. Vedúci reťazec je zrejme tiež načatý DNA polymerázou α, ale na rozdiel od oneskorujúceho sa reťazca sa tu zrejme odovzdáva vlákno [[DNA polymeráza ε|DNA polymeráze ε]] (ale stále sa o tom vedú diskusie).<ref>{{Citácia periodika |meno=Zachary F. |priezvisko=Pursell |meno2=Isabelle |priezvisko2=Isoz |meno3=Else-Britt |priezvisko3=Lundström |spoluautori=et al. |mesiac=júl |rok=2007 |titul=Yeast DNA polymerase epsilon participates in leading-strand DNA replication |periodikum=Science |ročník=317 |číslo=5834 |strany=127–30 |pmid=17615360 |pmc=2233713 |doi=10.1126/science.1144067 |jazyk=po anglicky}}</ref><ref name="Scott D McCulloch; Thomas A Kunkel 148-161">{{Citácia periodika |meno=Scott D. |priezvisko=McCulloch |meno2=Thomas A. |priezvisko2=Kunkel |mesiac=januar |rok=2008 |titul=The fidelity of DNA synthesis by eukaryotic replicative and translesion synthesis polymerases |periodikum=Cell Research |ročník=18 |číslo=1 |strany=148–61 |pmid=18166979 |doi=10.1038/cr.2008.4 |jazyk=po anglicky}}</ref>
