V roku [[1993]] Ahtisaari prijal kandidatúru na prezidenta za stranu sociálnej demokracie. Jeho politicky nepoškvrnený imidž a jeho vízie väčšej angažovanosti Fínska v medzinárodných zaležitostiach boli hlavnými faktormi jeho kampane. Nakoniec tesne zvíťazil nad [[Elizabeth Rehn]]ovou.
Úrad prezidenta začal rozkolom vo vládnej koalícii vedenej centristickou stranou, pretože premiér [[Esko Aho]] nepodporoval jeho úmysly participácie Fínska v medzinárodných záležistostiachzáležitostiach. Často cestoval po Fínsku a do zahraničia. Svoju popularitu si zachovával najmä kvôli tomu, že sa často stretával s obyčajnými obyvateľmi. Ahtisaari podporoval vstup Fínska do [[EÚ]]. Počas jeho úradu sa v [[Helsinki|Helsinkách]] stretli [[Boris Jeľcin]] a [[Bill Clinton]].
[[Súbor:Nobel Peace Prize 2008 Martti Ahtisaari.jpg|náhľad|Pri preberaní [[Nobelova cena za mier|Nobelovej ceny za mier]] v roku 2008 ]]
V roku [[2000]] už nekandidoval v prezidentských voľbách.
Po svojom úrade prezidenta prijal pozície vo viacerých medzinárodných inštitúciachinštitúciách. V roku 2000 ho [[Veľká Británia|britská]] vláda do skupiny dohliadajucejdohliadajúcej nad odzbrojením [[IRA]]. V roku [[2005]] viedol mierové rokovanie medzi hnutím Aceh a [[Indonézia|indonézskou]] vládou. V novembri 2005 bol menovaný splnomocnencom OSN pre [[Kosovo]]. V tomto úrade bol Ahtisaari poverený určením politického štatútu Kosova. [[2. február]]a [[2007]] predložil Ahtisaari [[Srbsko|srbskému]] prezidentovi [[Boris Tadič|Borisovi Tadičovi]] plán budúcnosti Kosova, ktorý prezident odmietol, lebo údajne otvára cestu pre nezávislosť Kosova, čo Srbsko nikdy nepripustí. Ahtisaari bol opakovane obvinený, že bol uplatený albánskou mafiou obchodujúcou s drogami a ľudskými orgánmi, aby získal pre Kosovo nezávislosť. Najnovšie dôkazy toto podozrenie opakovane potvrdili. http://sites.google.com/site/jillstarrsite/evidence-that-un-special-envoy-for-kosovo-marti-ahtisaari-received-albanian-mafia-bribes-for-kosovo-independence
