Fylogenetika: Rozdiel medzi revíziami
Smazaný obsah Přidaný obsah
Presmerovanie na Fylogenéza |
presun |
||
Riadok 1:
{{urgentne upraviť|20130609}}
== Fylogenetika ==
Z Wikipédie, slobodnej encyklopédie
V [[Biológia | biológii]], '''fylogenetika''' je štúdium [[evolučných]] vzťahov medzi skupinami [[organizmov]] (napr. [[druhy]], [[populácie]]), ktoré sú zistené pomocou [[molekulárnych]] dát a morfologických dát matice. Termín fylogenetický pochádza z gréckeho termíny Phyl (φυλή) a Phylon (φῦλον), označujúce "kmeň", "klan", "preteky"<ref>{{cite book |last1=Liddell |first1=Henry George |authorlink1=Henry George Liddell |last2=Scott |first2=Robert |authorlink2=Robert Scott (philologist) |last3=Jones |first3=Henry Stuart |authorlink3=Henry Stuart-Jones |title=A Greek-English lexicon |year=1968 |publisher=Clarendon Press |location=Oxford |edition=9 |page=1961 |url=http://www.archive.org/stream/greekenglishlex00lidduoft#page/304/mode/2up}}</ref> a adjektívna forma, genetikós (γενετικός), zo slova genesis (γένεσις) "pôvod", "zdroj", "narodenia".<ref>{{cite book |last1=Liddell |first1=Henry George |authorlink1=Henry George Liddell |last2=Scott |first2=Robert |authorlink2=Robert Scott (philologist) |last3=Jones |first3=Henry Stuart |authorlink3=Henry Stuart-Jones |title=A Greek-English lexicon |year=1968 |publisher=Clarendon Press |location=Oxford |edition=9 |page=343 |url=http://www.archive.org/stream/greekenglishlex00lidduoft#page/304/mode/2up}}</ref> Výsledkom fylogenetických štúdií je hypotéza o evolučnej histórii taxonomických skupín: .. ich fylogenetický.<ref>{{cite web| title=phylogeny| publisher=Biology online| url=http://www.biology-online.org/dictionary/Phylogeny| accessdate=2013-02-15}}</ref>
Vývoj je považovaný za vetvenie procesu, kedy sa populácie menia v priebehu času, a môže byť rozdelený na samostatné vetvy, spoločné [[kríženie]], alebo ukončenie [[vyhynutím]]. To môže byť vizualizované [[fylogenetickým stromom]], hypotézou o poradí, v ktorom sa predpokladá, že k evolučnej udalosti došlo.
Fylogenetické analýzy sa stali zásadné pre skúmanie evolučného [[stromu života]]. Celkovým cieľom [[Národnej vedeckej nadácie]] zostavenia činnosti stromu života (ATOL) je riešiť evolučné vzťahy pre veľké skupiny organizmov celej histórii života, s výskumom často zahŕňajúce veľké tímy pracujú naprieč rôznymi inštitúciami a odbormi. Napríklad [[RedToL]] sa zameriava na rekonštrukcie červených rias stromu života.
[[Taxonómia (biológia) | Taxanómia]], klasifikácia, identifikácia a pomenovanie organizmov je zvyčajne bohato informovaná fylogenetika, zostáva však metodicky a logicky odlišná.<ref>{{cite book |authorlink1=A. W. F. Edwards |author1=Edwards AWF |authorlink2=Luigi Luca Cavalli-Sforza |author2=Cavalli-Sforza LL |quote=Phylogenetics is that branch of life science, which deals with the study of evolutionary relation among various groups of organisms, through molecular sequencing data. |year=1964 |chapter=Reconstruction of evolutionary trees |editor1-first=Vernon Hilton |editor1-last=Heywood |editor2-first=J. |editor2-last=McNeill |title=Phenetic and Phylogenetic Classification |pages=67–76 |oclc=733025912}}</ref> Stupeň taxonómie sa fylogeneticky líši medzi školami taxonómie: [[numerická taxonómia]] druhoústovce úplne ignoruje, snaží sa zastupovať podobnosti medzi organizmami; [[Kladistika | fylogenetická systematika]] sa snaží reprodukovať druhoústovce do klasifikácie bez straty informácií; evolučná taxonómia sa snaží nájsť kompromis medzi nimi zastupujúcich [[Evolučný stupeň | etapách evolúcie]].
== Výstavba fylogenetického stromu ==
[[Výpočtová fylogenetika | Vedecké metódy fylogenetiky]] sú často zoskupené pod pojmom [[kladistika]]. Najbežnejšie z nich sú [[Maximálna šetrnosť (fylogenetika) | šetrnosť]], [[maximálna vierohodnosť]]. Všetky metódy závisia na implicitných alebo explicitných [[matematických modeloch]] opisujúcich vývoj znakov pozorovaných u druhov vrátane, a sú použité pre [[Molekulárna fylogenetika | molekulárne dáta]], pričom tieto znaky sú zarovnané [[nukleotidovými]] alebo [[aminokyselinovými]] sekvenciami, a takmer maximálne vierohodné (pozri nižšie), a sú použité pre morfologické dáta.
== Obmedzenia a riešenia ==
Nakoniec, neexistuje žiadny spôsob, ako zistiť, či konkrétny fylogenetický systém je presný, alebo nie, ak sa skutočné vzťahy medzi taxonomickými skúmaniami známe (čo sa môže stať s baktériami alebo vírusmi v laboratórnych podmienkach). Empirická fylogenetika môže dúfať, že dosiahnutím najlepšieho výsledku je strom s pobočiek, ktoré sú dobre podporované dostupnými dôkazmi. Niekoľko potenciálnych úskalí bolo identifikovaných:
=== Homoplasy ===
=== Horizontálny prenos génov ===
=== Taxónové vzorkovanie ===
=== Fylogenetický sygnál ===
=== Spojité znaky ===
=== Chýbajúce dáta ===
| |||