TvorbuVytváranie melatonínu v [[Šuškovité teliesko|epifýze]] ovplyvňuje intenzita svetla: svetlo brzdí jeho tvorbu. Tvorí sa ho osem až desaťkrát viac v [[noc]]i ako cez [[deň]], a tak melatonín podmieňuje denný (cirkadiánny) rytmus človeka a cicavcov a je signálom pre telo o aktuálnom „subjektívnom čase“ jednak v rámci 24 hodín, jednak v priebehu roka. So striedaním dĺžky nocí počas roka sa mení aj dĺžka trvania zvýšenej hladiny melatonínu v [[Krvná plazma|krvnej plazme]]. Zmena dĺžky trvania vysokej hladiny je tak signálom o aktuálnom „čase v roku“. To má zásadný význam najmä u sezónnych zvierat.
Má však aj imunomodulačný účinok, antioxidačný (ako [[scavenger]] voľných radikálov), [[onkostatický]] a [[Apoptóza|proapoptotický]] účinok, vplyv na transportné procesy v tráviacom systéme, ovplyvňuje motilitu čriev.
