V roku 1979 spisovateľ [[Tom Wolfe]] vydal úspešnú knihu ''[[Správna posádka (kniha)|Správna posádka]]'' (''The Right Stuff''), ktorá charakterizuje obdobie prvých amerických pilotovaných letov do vesmíru. Následný úspech [[Správna posádka (film)|filmovej verzie]] spôsobil návrat popularity bývalej sedmičky astronautov [[program Mercury|programu Mercury]]. Žijúci bývalí astronauti sa začali pri rôznych príležitostiach stretávať. Pri jednom stretnutí vyvstal v roku 1984 nápad založiť charitatívnu organizáciu Mercury Seven. Shepard v nej zastával iba funkciu čestného predsedu, pretože bol pracovne vyťažený riadením vlastnej spoločnosti. Cieľom nadácie bolo získavať peniaze na štipendiá pre nadaných študentov vedy a techniky. Neskôr, v druhej polovici 80. rokov, sa Alan začal v nadácii angažovať viac, keď predal všetky podiely vo svojich podnikoch. V roku 1995 bola nadácia premenovaná na Astronaut Scholarship Foundation. Shepard bol zvolený za prezidenta a predsedu nadácie, pričom v týchto funkciách zostal do októbra 1997, kedy obe funkcie prenechal bývalému astronautovi [[Jim Lovell|Jimovi Lovellovi]].<ref name="history.nasa.gov"/>
V roku 1992 začal Shepard spolu s Dekom Slaytonom a dvoma novinármi, [[Jay Barbree|Jayom Barbreem]] a Howardom Benedictom, pracovať na spoločnej knihe s názvom ''[[Moon Shot]]: The Inside Story of America'sAmerica’s Race to the Moon''. Kniha bola vydaná v roku 1994, ale Deke Slayton sa vydania knihy nedožil, zomrel v roku 1993.<ref name="a14.clsout2"/> V roku 1995 oslávili Alan a Louise polstoročie v manželskom zväzku. V roku 1996 bola Shepardovi diagnostikovaná [[leukémia]]. Situácia sa pre Alana vyvíjala spočiatku priaznivo, ale na jar 1997 sa jeho stav zhoršil. Napriek svojmu zlému zdravotnému stavu sa v súkromí zdôveroval: ''„Nič neľutujem. Nebojím sa. Ale nie som ani pripravený vzdať boj.“''<ref name="Thompson 462">Thompson 2004, s. 462.</ref> Vďaka krvným transfúziám sa začal jeho stav v lete 1998 čiastočne zlepšovať, ale 20. júla ho manželka Louise priviezla do nemocnice v [[Kalifornia|kalifornskom]] [[Pebble Beach (Kalifornia)|Pebble Beach]] s bolesťami žalúdku, pričom sa Alanov stav postupne zhoršoval. Alan Bartlett Shepard, Jr. zomrel večer [[21. júl]]a [[1998]].<ref name="Thompson 462"/><ref>{{Citácia elektronického dokumentu | priezvisko = Wilford | meno = John Noble | autor = | odkaz na autora = | titul = Alan B. Shepard Jr. Is Dead at 74; First American to Travel in Space | url = http://www.nytimes.com/1998/07/23/us/alan-b-shepard-jr-is-dead-at-74-first-american-to-travel-in-space.html | vydavateľ = nytimes.com | dátum vydania = 1998-07-23 | dátum aktualizácie = | dátum prístupu = 2017-10-23 | miesto = | jazyk = }}</ref> Manželka Louise zomrela o päť týždňov neskôr, 25. augusta 1998 o 17:00, v čase, kedy jej vždy Shepard volával, keď bol na služobných cestách. Rodina sa potom rozhodla oboch spopolniť. Dňa 18. novembra bol popol obidvoch zmiešaný so suchými kvetmi v rovnakom momente rozptýlený z dvoch helikoptér amerického námorníctva nad malou zátokou Stillwater Cove, pred ich domom v Pebble Beach.<ref>Thompson 2004, s. 471 – 472.</ref><ref>{{Citácia elektronického dokumentu | priezvisko = | meno = | autor = | odkaz na autora = | titul = Louise Shepard Dies A Month After Her Astronaut Husband | url = http://articles.chicagotribune.com/1998-08-27/news/9808280089_1_louise-shepard-alan-shepard-original-seven-astronauts | vydavateľ = articles.chicagotribune.com | dátum vydania = | dátum aktualizácie = | dátum prístupu = 2017-10-23 | miesto = | jazyk = }}</ref><ref>{{Citácia elektronického dokumentu | priezvisko = Šamárek | meno = Ondřej | autor = | odkaz na autora = | titul = Vesmírné osudy 39. díl – Alan Shepard | url = http://www.kosmonautix.cz/2014/01/vesmirne-osudy-39-dil-alan-shepard/ | vydavateľ = kosmonautix.cz | dátum vydania = 2014-01-13 | dátum aktualizácie = | dátum prístupu = 2017-10-23 | miesto = | jazyk = }}</ref>
{{citát|Nemusíte mať žiadny zvláštny talent, ale možno len venovať viac pozornosti tomu, čo robíte.|Alan Shepard}}
