Cysty hypofýzy sú zväčša pozostatok jej vnútromaternicového vývoja. Často sú náhodný nález pri zobrazovacom vyšetrení mozgu z inej príčiny. Ak sú malé, nespôsobujú nijaké ťažkosti. Sú pozostatok Rathkeho puzdra (výchlipky) a vyskytujú sa v pars intermedia hypofýzy.

Zriedkavá forma cystického postihnutia hypofýzy je pretrvávanie kraniofaryngeálneho vývodu a jeho cystická premena – takisto ide o poruchu vývoja hypofýzy. Častejšie sa stretávame s miernou formou tejto abnormality a to pretrvávaním „hniezd“ buniek tohto vývodu – tzv.Erdheimove hniezda. Tieto hniezda sa považujú za miesto vzniku kraniofaryngeómu.