Zo skupinovej fázy kvalifikácie postúpi 12 tímov. 52 účastníkov je rozdelených do deviatich skupín; v siedmich skupinách je po šesť tímov a v dvoch skupinách po päť tímov. Žreb skupinovej fázy kvalifikácie sa uskutočnil 2. februára 2023. Skupinová fáza kvalifikácie sa hrá systémom každý s každým doma a vonku. Víťazi skupín a tri najlepšie tímy na druhých miestach sa kvalifikujú priamo na ME 2025.
Play-off:
Po skončení skupinovej fázy kvalifikácie sa o zostávajúcich troch postupujúcich tímoch rozhodne v play-off, ktoré bude hrať v novembri 2024 šesť horších tímov z druhých miest skupinovej fázy. Traja víťazi týchto play-off sa pridajú k 12 tímom, ktoré postúpili na ME zo skupinovej fázy kvalifikácie.
Žreb skupinovej fázy kvalifikácie sa konal v Nyone vo Švajčiarsku 2. februára 2023 o 9:00.[3] V kvalifikácii hrá 52 z 55 členských krajín UEFA. Slovensko ako usporiadateľ ME 2025 nemusí hrať kvalifikáciu, zatiaľ čo Rusko bolo vylúčené z podujatí FIFA a UEFA pre inváziu na Ukrajinu a Lichtenštajnsko sa neprihlásilo.
52 účastníkov je nasadených do šiestich košov. Tímy boli vyžrebované do deviatich skupín: sedem skupín po šesť tímov (skupiny A – G) a dve skupiny po päť tímov (skupiny H – J).
Tímy sú nasadené na základe koeficientu utvoreného z výsledkov v posledných dvoch kvalifikačných cykloch Majstrovstiev Európy vo futbale hráčov do 21 rokov.[4]