}}[ ]</ref>, ktorý štvrť roka po začatí spätne zlegalizoval už uskutočnené deportácie Židov do nemeckých „'' pracovných''“ táborov. Tiso podpísal prezidentskú výnimku spod protižidovského zákona osemsto<refname=":3">{{Citácia periodika|priezvisko=Pataj|meno=Roman|titul=Jozef Tiso nezachránil 35-tisíc Židov|periodikum=Denník N|url=https://dennikndeťom.sk/972080/jozef-tiso-nezachranil-35-tisic-zidov|dátumprístupu=2017-12-14|jazyk=sk-SK}}</ref> až tisíc osobám.<ref name="Tiso a riešenie židovskej otázky">Kováčová, V. [http://www.muzeumsnp.sk/data/clanky/Dr._Jozef_Tiso_a_Zidia.pdf ''Dr. Jozef Tiso a riešenie židovskej otázky na Slovensku.''] Múzeum SNP, Banská Bystrica, s. 5</ref> Tisov úrad pritom dostal až 20-tisíc žiadostí. <ref name=":3" /> <!-- Historik Milan Stanislav Ďurica (Jozef Tiso: Životopisný profil) odvolávajúc sa na nemeckého vyslanca Ludina udáva počet až 35 000 výnimiek udelených Židom (nie všetky boli prezidentské). -->
[[Deportácia]] Židov zo Slovenska začala v marci [[1942]]. [[25. marec|25. marca]] 1942 odišiel z [[Poprad]]u prvý transport tisícky židovských dievčat a žien do [[KoncentračnýPracovný tábor Auschwitz I|koncentračnéhoPracovného tábora Osvienčim]]. Vyvážanie Židov do koncentračnýchpracovných táborov pokračovalo až do [[20. november|20. novembra]] 1942. V priebehu roka 1942 zo Slovenska odtransportovali celkovo 57 628 slovenských Židov, z ktorých podľa dostupných údajov prežilo len 280 až 800 osôb.
Napriek snahe niektorých slovenských predstaviteľov (A. Mach 8. 2. 1943: ''Príde marec, príde apríl a pôjdu transporty!'') a vďaka protestnej Nóte [[Svätá stolica|Svätej stolice]] z [[5. máj]]a [[1943]] a celkovej nepopularite transportov medzi obyvateľstvom<ref name="Hradská K.">Hradská K.: ''Prípad Wisliceny / Nacistickí poradcovia a židovská otázka na Slovensku.'' Bratislava: Academic Electronic Press, 1999. s. ?</ref> aj v Slovenskom sneme<ref name="Hradská K." /> sa deportácie zo Slovenska zastavili až do októbra [[1944]]. Tiso voči Židom vystupovalnevystupoval podobne agresívne ako predstavitelia radikálneho krídla [[HSĽS]].Ak ajTiso mal miernejší názor, čomu nasvedčujú viaceré svedectvá, nedal smerom k verejnosti o tom žiadny signál.<ref name="Tiso a riešenie židovskej otázky" /> Keď na dožinkách v Holíči 16. augusta 1942 rečnil o tom, či bolo spravodlivé odtransportovať Židov povedal: ''„Urobili sme to podľa príkazu Božieho: Slovák, zhoď, zbav sa svojho škodcu!“''<ref>{{Citácia elektronického dokumentu|titul=Jozef Tiso – Wikicitáty|url=https://sk.wikiquote.org/wiki/Jozef_Tiso|dátum prístupu=2017-04-15|vydavateľ=sk.wikiquote.org|jazyk=sk}}</ref><!-- Podľa http://senxskutocnost.sng.sk/chapters/3-70000-obeti/tiso-prihovor (možno je to iný prepis alebo iná časť tej reči) : Vraj, či je to kresťanské, čo sa robí. Je to ľudské? Nie je to rabovka? Ale pýtam sa ja: Je to kresťanské, keď sa národ slovenský chce zbaviť svojho večného nepriateľa, žida? Je to kresťanské? Láska k sebe je príkazom Božím a tá láska k sebe mi rozkazuje, aby som od seba odstránil všetko, čo mi škodí, čo mi ohrozuje život.“ -->
Transporty znova začali v októbri [[1944]] po tom, čo bolo Slovensko obsadené Nemcami a bolo potlačené [[Slovenské národné povstanie]] a keď sa [[červená armáda]] prebila k slovenskej hranici. Nemecko sa rozhodlo okupovať Slovensko, čím krajina stratila aj zvyšok nezávislosti. Počas okupácie bolo deportovaných 13 500 Židov a uväznených ďalších 5 000.
