Po [[Sunjatsen]]ovej smrti v roku [[1925]] nastúpil Čankajšek do čela Kuomintangu. Pozícia ústrednej vlády bola veľmi slabá a veľké časti Číny boli ovládané polosamostatnými militaristami, ktorí medzi sebou zvádzali vzájomné boje. Roku [[1926]] sa pustil do ofenzívy proti lokálnym vládcom za zjednotenie Číny. V roku [[1927]] sa rozhodol očistiť stranu od komunistov, nečakane ich napadol a počas [[Šanghajský masaker|Šanghajského masakru]] tisíce z nich zabil, ostatní boli vylúčení zo strany.
Po rokoch občianskýchobčianskych nepokojov sa mu v roku [[1928]] podarilo dobiťdobyť [[Peking]] a podrobil sa mu aj vládca [[Mandžusko|Mandžuska]] [[Čang Sue-liang]]. Toho istého roku sa Čankajšek stal prezidentom Číny a ustanovil svoju [[vláda|vládu]] v [[Nanking]]u. Vylúčenie komunistov zo strany a ich podpora [[SovietskýSovietsky zväz|SovietskýmSovietskym zväzom]] viedla k občianskej vojne. V decembri [[1936]] odletel Čankajšek do [[Si-an]]u, aby velil veľkému útoku na komunistov, ktorí mali základňu v [[Jen-an]]e. Jeho generáli na čele s Čang Sue-liangom však mali iné plány, Čankajška zajali a primäli ho spojiť sa s komunistami proti Japoncom. Tato aféra je známa ako [[Si-anský incident]].
Počas [[Druhá svetová vojna|2. svetovej vojny]] [[Japonci]] najskôr dobilidobyli roku [[1937]] [[Šanghaj]], a neskôr i hlavné mesto Nan-ťing (Nanking). Hlavným mestom sa v lete [[1938]] stal [[Čchung-čching]]. Odmietal sa Japoncom podrobiť, ale aj napriek nemalej podpore poskytovanej [[Spojené štáty|Spojenými štátmi]] ich nedokázal vyhnať. V roku [[1945]], po [[kapitulácia|kapitulácii]] [[Japonsko|Japonska]], bol Kuomintang príliš slabý, aby dokázal obnoviť vládu v oslobodených teritóriách a tie získavali [[Komunistická strana Číny|komunisti]]. V následnej [[Čínska občianska vojna (1946-1949)|občianskej vojne]] ťahal Čankajšek za kratší koniec a po tom, ako komunisti obkľúčili [[Čcheng-tu]], posledné mesto na pevnine držané Kuomintangom, odletel 10. 12. [[1949]] na ostrov [[Taiwan]].
Čankajškova vláda sa presunula do [[Tchaj-pej]]a. Až do svojej smrti bol [[prezident]]om [[Taiwan|Čínskej republiky]]. Napriek demokratickej ústave fakticky fungovala diktatúra jednej strany a všetky vládne posty boli v rukách presídlencov z pevniny. Podporoval priemyselný a ekonomický rozvoj a aj vďaka americkej zahraničnej pomoci pričlenil Taiwan k ázijským tigrom.
