V období Kamakura sa v krajine začal proces úpadku centrálnej moci šogúnov a nárast vplyvu regionálnych vojenských vodcov, ktorí konali na svojom územi takmer nezávisle od vôle šogúna. Proces vzniku regionálnych centier moci, neskôr vyvrcholil v nasledujúcom [[Obdobie Muromači|období Muromači]], v ktorom politická anarchia v krajine dosiahla vrchol. Šógun sa podobne ako cisár stal iba ceremoniálnou figúrkou bez reálneho politického vplyvu a moci.
Príčina politickej nestability v krajine spočívala v politike šogúna Minamoto no Joritoma, ktorý na posilnenie vlastnej moci v provinciách vytvoril funkciu '''[[Šugo|šugoa''']], čiže miestneho vojenského náčelníka. Roku 1338 po neúspešnom pokuse cisára [[Go - Daiga]] o prinavrátenie plnej politickej moci pre cisárovcisárom a následnej politickej nestabilite, prevzal nástupíctvo rodu Hódžo rod Ašikaga. Silná centrálna vláda sa takmer vytratila a odteraz mali [[Šugo|šugovia]] na svojich územiach väčšiu moc než šóguni. Moc šóguov spočívala v rodovom príbuzenstve rodín žijúcich na určitom území, z toho vyplývajúcej vzájomnej oddanosti a najmä vo veľkom pozemkovom vlastníctve. [[Šugo|Šugovia]], z ktorých neskôr vznikli daimjóvia sa obklopili veľkými armádami samurajských vazalov a boli neustále vo vojnovom stave s centrálnou autoritou. V neskoršom období boli šogúni rovnako bezmocní pred vojenskou mocou ako cisári a Japonsko sa postupne rozpadlo na takmer 400 nezávislých štátov vedených vojenskými veliteľmi.
