=== Občianska vojna medzi conquistadormi a Almagrova smrť ===
Keď sa situácia v ríši Inkov upokojila, tak sa vzťahy medzi Almagrom a Pizarrom rapídne zhoršili. Španielska koruna rozdelila Peru a bohaté mesto Cuzco pripadlo Almagrovi, ale Pizarro so svojimi bratmi toto mesto držali. Almagro šiel na sever, kde dobildobyl Quito. Po svojom návrate do Peru obsadil Almagro mesto Cuzco. Pri Cuzcu porazil armádu Inkov, ktorej velil [[Manco Capac II]], ktorý obliehal v Cuzcu so svojou veľkou armádou Francisca Pizarra. Keď zničil armádu Inkov pri Cuzcu, mohol sa už sústrediť na samotné Cuzco. Obsadiť ho nebol až taký problém, keďže väčšina armády Hernanda Pizarra, ktorá bývala v Cuzcu sa v tom čase nachádzala v Andách, kde hľadala Manco Capaca. Keď sa Hernando Pizarro so svojou armádou vrátil do Cuzca, bol rýchlo porazený armádou Diega de Almagra. Bratia Francisca Pizara, Hernando a [[Gonzalo Pizarro|Gonzalo]] padli do zajatia. Francisco Pizarro poslal proti Almagrovi armádu, ktorej velil [[Alonso de Alvarado]]. Cieľom bola záchrana svojich bratov. [[12. júl]]a [[1537]] sa stretli v [[Bitka pri Abancay|bitke pri Abancay]] s armádou Diega de Almagra, ktorej velil [[Rodrigo Orgonez]]. Alvarado bol so svojimi mužmi porazený. Gonzalovi Pizarrovi a Alvaradovi sa ale podarilo z väzenia utiecť. Almagro a Francisco Pizarro sa dohodli na prepustení Hernanda. Pizarro sľúbil Almagrovi, že ak prepustí Hernanda, tak sa vzdá nároku na Cuzco. Pizarro sa ale v skutočnosti Cuzca nikdy nechcel vzdať, len získaval čas, ktorý potreboval na prípravu svojej armády pre rozhodujúcu bitku. Príležitosť sa mu naskytla, keď Almagro ochorel. V apríli [[1538]] bol Diego de Almagro v bitke pri Las Salinas definitívne porazený, neskôr odsúdený na smrť a [[8. júl]]a [[1538]] sťatý vo väzení. Jeho telo bolo vystavené na hlavnom námestí v Cuzcu. Jeho useknutá hlava mala slúžiť ako varovanie iným rebelom.
