{{Hlavný článok|Aliancia nového občana#Kauza zmenky, rozkol a zánik strany|Kauza zmenky}}
V auguste 2005, potom ako na verejnosť prenikli informácie o tom, že Pavol Rusko si už v čase keď bol [[ministerstvo hospodárstva Slovenskej republiky|ministrom hospodárstva]], požičal 100 miliónov korún od podnikateľa podnikajúcom v jeho rezorte ([[Kauza zmenky|kauza „zmenky“]]). Lintner spolu s ďalšími žiadal Ruska aby odstúpil. Pavol Rusko demisiuodmietol podať odmietoldemisiu, avšak na návrh premiéra [[Mikuláš Dzurinda|Dzurindu]] ho prezident odvolal z funkcie ministra. Rusko požiadal Dzurindu o odvolanie svojich „neposlušných“ ministrov za ANO z vlády. Premiér to odmietol urobiť a koaličné strany vylúčili ANO z koalície a koaličná zmluva tak fakticky zanikla. Poslanecký klub ANO sa rozštiepil na dve skupiny „verných“ Pavlovi Ruskovi a druhú vedenú práve Lintnerom. Potom, ako sa Ruskovi podarilo dostať na svoju stranu stranícke štruktúry, zvolal na 11. septembra 2005 mimoriadny kongres strany, na ktorom zvíťazila Ruskovajeho skupina a oponentov na odvolali. V NR SR nastala paradoxná situácia, pretože Lintner spolu s ďalšími poslancami vylúčenými z ANO zostali v poslaneckom klube ANO, naopak z klubu vystúpil Pavol Rusko a jemu verné poslankyne.
Kríza v ANO vyústila aj do kríze celej vládnej koalície. Po vylúčení ANO z koalície síce skupina poslancov okolo Ľubomíra Lintnera podpísala s vládou dohodu o spolupráci, napriek tomu to však koalícia po odchode Pavla Ruska so zvyšnými poslankyňami ANO do opozície, stratila väčšinu v parlamente a parlament sa dostal do vážnej krízy, pretože kvôli obštrukcii opozičných poslancov nebol schopný rokovať.
