Dodnes je na Borneu známy výskyt 221 druhov cicavcov. K tomu patria popri [[orangutan]]om aj [[gibon]]y. Na Borneu žije približne 25 druhov orangutanov, o ktorých ochranu sa snaží medziinými indonézska organizácia ''Borneo Orangutan Survival Foundation (BOS)'' respektíve organizácie ''BOS'' v rôznych krajinách, napríklad ''[[BOS Deutschland e.V.]]'' alebo ''[[Orangutan Foundation]]'' ([[Národný park Tanjung Puting]]). Extrémne vzácny je vyhynutím ohrozený plachý druh [[Nosorožec sumaterskýsumatriansky|nosorožca sumaterskéhosumatrianskeho]], z ktorého existuje približne 30 jedincov.
Najväčšou mačkovitou šelmou ostrova je [[leopard sundskýDiardov]] (''Neofelis diardi''). Menšie mačkovité šelmy na ostrove sú [[mačka plachočelá]] (''Prionailurus planiceps''), [[mačka bornejská]] (''Pardofelis badia'') a [[mačka bengálska]] (''Prionailurus bengalensis''). Malé dravé [[medveď malajský|medvede malajské]] (''Helarctos malayanus'') sú typickými obyvateľmi tropického pralesa. [[Kahau nosatý]] (''Nasalis larvatus'') sa vyskytuje len na Borneu. Vták ''[[Buceros rhinoceros]]'' je jedným zo 622 druhov vtákov vyskytujúcich sa na ostrove. PoďalšieĎalej sa tu vyskytuje okolo 400 druhov [[plazy|plazov]] a [[obojživelníky|obojživelníkov]], podmedzi týmnimi jediný známy had, ktorý vie ako chameleón meniť farby ''[[Enhydris gyii]]'' a varan ''[[Lanthanotus borneensis]]''.
