Apoptóza sa začína zmršťovaním bunky, pričom integrita [https://sk.wikipedia.org/wiki/Cytoplazmatická_membrána[Cytoplazmatická membrána|cytoplazmatickej membrány]] ostáva zachovaná. Aktivácia kaspáz vedie k strate mitochondriálneho [https://sk.wikipedia.org/wiki/Membránový_potenciál[Membránový potenciál|membránového potenciálu]]. Dochádza k zmenám intracelulárnej koncentrácie [https://sk.wikipedia.org/wiki/[Vápnik|Ca2+]]. Lyzozomálne membránové pumpy strácajú svoju funkciu. Sú aktivované endogénne endonukleázy a bunka sa rozpadá na apoptotické telieska [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2117903/]. Tieto bunkové zmeny sú merateľné metódou prietokovej cytometrie [https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022175900002337#BIB20].
